source: Promot/trunk/promot/kb/testsuite/mdl/egf+insulin.mdl @ 9242

Last change on this file since 9242 was 9242, checked in by kolczyk, 15 years ago

use dynamic library in tests
  • Property svn:mime-type set to text/plain
File size: 92.5 KB
RevLine 
[9135]1(set-icon-path ("promot:kb;SignalTransd;structure;"  "promot:kb;sbml;" "promot:kb;SignalTransd;libraries;"))
2(set-mdl-path ("promot:kb;sbml;" "promot:kb;SignalTransd;structure;"))
[9242]3(include "/afs/mpi-magdeburg.mpg.de/usr/local101/diana/promot/kb/dynamic_library/dynamic-library.mdl")
[9135]4
5(include "/afs/mpi-magdeburg.mpg.de/usr/local101/diana/promot/kb/sbml/sbml-library.mdl")
6
[9242]7(include "/afs/mpi-magdeburg.mpg.de/usr/local101/diana/promot/kb/dynamic_library/aux-reactions_new.mdl")
[9135]8
9;;================Definitions====================
10(define-module
11  :class "s-2-1"
12  :super-classes ("structure")
13  :parameters
14  (("e_p1"
15    :relation "t_p1.r == gamma_p1*r")
16   ("e_r1"
17    :relation "t_r1.r == gamma_r1*r")
18   ("e_r2"
19    :relation "t_r2.r == gamma_r2*r")
20   ("gamma_p1"
21    :value "1.0d0")
22   ("gamma_r1"
23    :value "-1.0d0")
24   ("gamma_r2"
25    :value "-1.0d0"))
26  :terminals
27  (("t_p1"
28    :is-a "tflux"
29    :geometry-side "right"
30    :geometry-position "0.5")
31   ("t_r1"
32    :is-a "tflux"
33    :geometry-side "left"
34    :geometry-position "0.33333334")
35   ("t_r2"
36    :is-a "tflux"
37    :geometry-side "left"
38    :geometry-position "0.6666667"))
39  :variables
40  (("gamma_p1"
41    :is-a "stoichiometry")
42   ("gamma_r1"
43    :is-a "stoichiometry")
44   ("gamma_r2"
45    :is-a "stoichiometry"))
46  :equations
47  (("e_p1")
48   ("e_r1")
49   ("e_r2")))
50
51
52(define-module
53  :class "kin-2-1_0_1_k9f_k9b"
54  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
55  :icon "icons/rev_l"
56  :terminals
57  (("t_c1"
58    :is-a "tvol"
59    :geometry-side "bottom"
60    :geometry-position "0.5"))
61  :variables
62  (("k9b"
63    :is-a "kinetic-parameter")
64   ("k9f"
65    :is-a "kinetic-parameter")))
66
67
68(define-module
69  :class "s-1-1"
70  :super-classes ("structure")
71  :parameters
72  (("e_p1"
73    :relation "t_p1.r == gamma_p1*r")
74   ("e_r1"
75    :relation "t_r1.r == gamma_r1*r")
76   ("gamma_p1"
77    :value "1.0d0")
78   ("gamma_r1"
79    :value "-1.0d0"))
80  :terminals
81  (("t_p1"
82    :is-a "tflux"
83    :geometry-side "right"
84    :geometry-position "0.5")
85   ("t_r1"
86    :is-a "tflux"
87    :geometry-side "left"
88    :geometry-position "0.5"))
89  :variables
90  (("gamma_p1"
91    :is-a "stoichiometry")
92   ("gamma_r1"
93    :is-a "stoichiometry"))
94  :equations
95  (("e_p1")
96   ("e_r1")))
97
98
99(define-module
100  :class "kin-1-1_0_1_v8_k8"
101  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
102  :icon "icons/irrev_r"
103  :terminals
104  (("t_c1"
105    :is-a "tvol"
106    :geometry-side "bottom"
107    :geometry-position "0.5"))
108  :variables
109  (("k8"
110    :is-a "kinetic-parameter")
111   ("v8"
112    :is-a "kinetic-parameter")))
113
114
115(define-module
116  :class "s-1-2"
117  :super-classes ("structure")
118  :parameters
119  (("e_p1"
120    :relation "t_p1.r == gamma_p1*r")
121   ("e_p2"
122    :relation "t_p2.r == gamma_p2*r")
123   ("e_r1"
124    :relation "t_r1.r == gamma_r1*r")
125   ("gamma_p1"
126    :value "1.0d0")
127   ("gamma_p2"
128    :value "1.0d0")
129   ("gamma_r1"
130    :value "-1.0d0"))
131  :terminals
132  (("t_p1"
133    :is-a "tflux"
134    :geometry-side "right"
135    :geometry-position "0.33333334")
136   ("t_p2"
137    :is-a "tflux"
138    :geometry-side "right"
139    :geometry-position "0.6666667")
140   ("t_r1"
141    :is-a "tflux"
142    :geometry-side "left"
143    :geometry-position "0.5"))
144  :variables
145  (("gamma_p1"
146    :is-a "stoichiometry")
147   ("gamma_p2"
148    :is-a "stoichiometry")
149   ("gamma_r1"
150    :is-a "stoichiometry"))
151  :equations
152  (("e_p1")
153   ("e_p2")
154   ("e_r1")))
155
156
157(define-module
158  :class "kin-1-2_0_1_k7f_k7b"
159  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
160  :icon "icons/rev_l"
161  :terminals
162  (("t_c1"
163    :is-a "tvol"
164    :geometry-side "bottom"
165    :geometry-position "0.5"))
166  :variables
167  (("k7b"
168    :is-a "kinetic-parameter")
169   ("k7f"
170    :is-a "kinetic-parameter")))
171
172
173(define-module
174  :class "kin-1-1_0_1_k6f_k6b"
175  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
176  :icon "icons/rev_l"
177  :terminals
178  (("t_c1"
179    :is-a "tvol"
180    :geometry-side "bottom"
181    :geometry-position "0.5"))
182  :variables
183  (("k6b"
184    :is-a "kinetic-parameter")
185   ("k6f"
186    :is-a "kinetic-parameter")))
187
188
189(define-module
190  :class "kin-2-1_0_1_k5f_k5b"
191  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
192  :icon "icons/rev_l"
193  :terminals
194  (("t_c1"
195    :is-a "tvol"
196    :geometry-side "bottom"
197    :geometry-position "0.5"))
198  :variables
199  (("k5b"
200    :is-a "kinetic-parameter")
201   ("k5f"
202    :is-a "kinetic-parameter")))
203
204
205(define-module
206  :class "kin-1-1_0_1_v4_k4"
207  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
208  :icon "icons/irrev_r"
209  :terminals
210  (("t_c1"
211    :is-a "tvol"
212    :geometry-side "bottom"
213    :geometry-position "0.5"))
214  :variables
215  (("k4"
216    :is-a "kinetic-parameter")
217   ("v4"
218    :is-a "kinetic-parameter")))
219
220
221(define-module
222  :class "kin-1-1_0_1_k3f_k3b"
223  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
224  :icon "icons/rev_l"
225  :terminals
226  (("t_c1"
227    :is-a "tvol"
228    :geometry-side "bottom"
229    :geometry-position "0.5"))
230  :variables
231  (("k3b"
232    :is-a "kinetic-parameter")
233   ("k3f"
234    :is-a "kinetic-parameter")))
235
236
237(define-module
238  :class "kin-1-1_0_1_k25f_k25b"
239  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
240  :icon "icons/rev_l"
241  :terminals
242  (("t_c1"
243    :is-a "tvol"
244    :geometry-side "bottom"
245    :geometry-position "0.5"))
246  :variables
247  (("k25b"
248    :is-a "kinetic-parameter")
249   ("k25f"
250    :is-a "kinetic-parameter")))
251
252
253(define-module
254  :class "kin-2-1_0_1_k24f_k24b"
255  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
256  :icon "icons/rev_l"
257  :terminals
258  (("t_c1"
259    :is-a "tvol"
260    :geometry-side "bottom"
261    :geometry-position "0.5"))
262  :variables
263  (("k24b"
264    :is-a "kinetic-parameter")
265   ("k24f"
266    :is-a "kinetic-parameter")))
267
268
269(define-module
270  :class "kin-1-2_0_1_k23f_k23b"
271  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
272  :icon "icons/rev_l"
273  :terminals
274  (("t_c1"
275    :is-a "tvol"
276    :geometry-side "bottom"
277    :geometry-position "0.5"))
278  :variables
279  (("k23b"
280    :is-a "kinetic-parameter")
281   ("k23f"
282    :is-a "kinetic-parameter")))
283
284
285(define-module
286  :class "kin-2-1_0_1_k22f_k22b"
287  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
288  :icon "icons/rev_l"
289  :terminals
290  (("t_c1"
291    :is-a "tvol"
292    :geometry-side "bottom"
293    :geometry-position "0.5"))
294  :variables
295  (("k22b"
296    :is-a "kinetic-parameter")
297   ("k22f"
298    :is-a "kinetic-parameter")))
299
300
301(define-module
302  :class "kin-2-1_0_1_k21f_k21b"
303  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
304  :icon "icons/rev_l"
305  :terminals
306  (("t_c1"
307    :is-a "tvol"
308    :geometry-side "bottom"
309    :geometry-position "0.5"))
310  :variables
311  (("k21b"
312    :is-a "kinetic-parameter")
313   ("k21f"
314    :is-a "kinetic-parameter")))
315
316
317(define-module
318  :class "kin-1-2_0_1_k20f_k20b"
319  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
320  :icon "icons/rev_l"
321  :terminals
322  (("t_c1"
323    :is-a "tvol"
324    :geometry-side "bottom"
325    :geometry-position "0.5"))
326  :variables
327  (("k20b"
328    :is-a "kinetic-parameter")
329   ("k20f"
330    :is-a "kinetic-parameter")))
331
332
333(define-module
334  :class "kin-1-1_0_1_k2f_k2b"
335  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
336  :icon "icons/rev_l"
337  :terminals
338  (("t_c1"
339    :is-a "tvol"
340    :geometry-side "bottom"
341    :geometry-position "0.5"))
342  :variables
343  (("k2b"
344    :is-a "kinetic-parameter")
345   ("k2f"
346    :is-a "kinetic-parameter")))
347
348
349(define-module
350  :class "kin-2-1_0_1_k19f_k19b"
351  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
352  :icon "icons/rev_l"
353  :terminals
354  (("t_c1"
355    :is-a "tvol"
356    :geometry-side "bottom"
357    :geometry-position "0.5"))
358  :variables
359  (("k19b"
360    :is-a "kinetic-parameter")
361   ("k19f"
362    :is-a "kinetic-parameter")))
363
364
365(define-module
366  :class "kin-1-2_0_1_k18f_k18b"
367  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
368  :icon "icons/rev_l"
369  :terminals
370  (("t_c1"
371    :is-a "tvol"
372    :geometry-side "bottom"
373    :geometry-position "0.5"))
374  :variables
375  (("k18b"
376    :is-a "kinetic-parameter")
377   ("k18f"
378    :is-a "kinetic-parameter")))
379
380
381(define-module
382  :class "kin-2-1_0_1_k17f_k17b"
383  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
384  :icon "icons/rev_l"
385  :terminals
386  (("t_c1"
387    :is-a "tvol"
388    :geometry-side "bottom"
389    :geometry-position "0.5"))
390  :variables
391  (("k17b"
392    :is-a "kinetic-parameter")
393   ("k17f"
394    :is-a "kinetic-parameter")))
395
396
397(define-module
398  :class "kin-1-1_0_1_v16_k16"
399  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
400  :icon "icons/irrev_r"
401  :terminals
402  (("t_c1"
403    :is-a "tvol"
404    :geometry-side "bottom"
405    :geometry-position "0.5"))
406  :variables
407  (("k16"
408    :is-a "kinetic-parameter")
409   ("v16"
410    :is-a "kinetic-parameter")))
411
412
413(define-module
414  :class "kin-1-2_0_1_k15f_k15b"
415  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
416  :icon "icons/rev_l"
417  :terminals
418  (("t_c1"
419    :is-a "tvol"
420    :geometry-side "bottom"
421    :geometry-position "0.5"))
422  :variables
423  (("k15b"
424    :is-a "kinetic-parameter")
425   ("k15f"
426    :is-a "kinetic-parameter")))
427
428
429(define-module
430  :class "kin-1-1_0_1_k14f_k14b"
431  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
432  :icon "icons/rev_l"
433  :terminals
434  (("t_c1"
435    :is-a "tvol"
436    :geometry-side "bottom"
437    :geometry-position "0.5"))
438  :variables
439  (("k14b"
440    :is-a "kinetic-parameter")
441   ("k14f"
442    :is-a "kinetic-parameter")))
443
444
445(define-module
446  :class "kin-2-1_0_1_k13f_k13b"
447  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
448  :icon "icons/rev_l"
449  :terminals
450  (("t_c1"
451    :is-a "tvol"
452    :geometry-side "bottom"
453    :geometry-position "0.5"))
454  :variables
455  (("k13b"
456    :is-a "kinetic-parameter")
457   ("k13f"
458    :is-a "kinetic-parameter")))
459
460
461(define-module
462  :class "kin-1-2_0_1_k12f_k12b"
463  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
464  :icon "icons/rev_l"
465  :terminals
466  (("t_c1"
467    :is-a "tvol"
468    :geometry-side "bottom"
469    :geometry-position "0.5"))
470  :variables
471  (("k12b"
472    :is-a "kinetic-parameter")
473   ("k12f"
474    :is-a "kinetic-parameter")))
475
476
477(define-module
478  :class "kin-1-2_0_1_k11f_k11b"
479  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
480  :icon "icons/rev_l"
481  :terminals
482  (("t_c1"
483    :is-a "tvol"
484    :geometry-side "bottom"
485    :geometry-position "0.5"))
486  :variables
487  (("k11b"
488    :is-a "kinetic-parameter")
489   ("k11f"
490    :is-a "kinetic-parameter")))
491
492
493(define-module
494  :class "kin-2-1_0_1_k10f_k10b"
495  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
496  :icon "icons/rev_l"
497  :terminals
498  (("t_c1"
499    :is-a "tvol"
500    :geometry-side "bottom"
501    :geometry-position "0.5"))
502  :variables
503  (("k10b"
504    :is-a "kinetic-parameter")
505   ("k10f"
506    :is-a "kinetic-parameter")))
507
508
509(define-module
510  :class "kin-2-1_0_1_k1f_k1b"
511  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
512  :icon "icons/rev_l"
513  :terminals
514  (("t_c1"
515    :is-a "tvol"
516    :geometry-side "bottom"
517    :geometry-position "0.5"))
518  :variables
519  (("k1b"
520    :is-a "kinetic-parameter")
521   ("k1f"
522    :is-a "kinetic-parameter")))
523
524
525(define-module
526  :class "kholodenko1999_egfrsignaling-compartment"
527  :super-classes ("compartment")
528  :rdf-annotation ((:name "BQB_IS" :resources
529                    ("urn:miriam:obo.go:GO%3A0005737")))
530  :geometry-width "1065"
531  :geometry-height "1046"
532  :parameters
533  (("egf.c"
534    :label "Epidermal_Growth_Factor"
535    :model-name "EGF")
536   ("egf.n"
537    :value "680.0d0*v")
538   ("fl_egf"
539    :terminals ("egf.cf" "v1.t_r2"))
540   ("fl_grb"
541    :terminals ("grb.cf" "v9.t_r1" "v12.t_p1" "v17.t_r2" "v21.t_r1"))
542   ("fl_gs"
543    :terminals ("gs.cf" "v11.t_p1" "v12.t_r1" "v23.t_p1" "v24.t_r2"))
544   ("fl_plcg"
545    :terminals ("plcg.cf" "v5.t_r2" "v8.t_p1"))
546   ("fl_plcgl"
547    :terminals ("plcgl.cf" "v25.t_p1"))
548   ("fl_plcgp"
549    :terminals ("plcgp.cf" "v7.t_p1" "v8.t_r1" "v25.t_r1"))
550   ("fl_r"
551    :terminals ("r.cf" "v1.t_r1"))
552   ("fl_r2"
553    :terminals ("r2.cf" "v2.t_p1" "v3.t_r1" "v4.t_p1"))
554   ("fl_ra"
555    :terminals ("ra.cf" "v1.t_p1" "v2.t_r1"))
556   ("fl_rg"
557    :terminals ("rg.cf" "v9.t_p1" "v10.t_r1"))
558   ("fl_rgs"
559    :terminals ("rgs.cf" "v10.t_p1" "v11.t_r1"))
560   ("fl_rp"
561    :terminals ("rp.cf" "v3.t_p1" "v4.t_r1" "v5.t_r1" "v7.t_p2"
562                "v9.t_r2" "v11.t_p2" "v13.t_r2" "v15.t_p1" "v18.t_p2"
563                "v20.t_p2"))
564   ("fl_rplcg"
565    :terminals ("rplcg.cf" "v5.t_p1" "v6.t_r1"))
566   ("fl_rplcgp"
567    :terminals ("rplcgp.cf" "v6.t_p1" "v7.t_r1"))
568   ("fl_rsh"
569    :terminals ("rsh.cf" "v13.t_p1" "v14.t_r1"))
570   ("fl_rshg"
571    :terminals ("rshg.cf" "v17.t_p1" "v18.t_r1" "v19.t_r2"))
572   ("fl_rshgs"
573    :terminals ("rshgs.cf" "v19.t_p1" "v20.t_r1" "v24.t_p1"))
574   ("fl_rshp"
575    :terminals ("rshp.cf" "v14.t_p1" "v15.t_r1" "v17.t_r1" "v24.t_r1"))
576   ("fl_shg"
577    :terminals ("shg.cf" "v18.t_p1" "v21.t_p1" "v22.t_r1"))
578   ("fl_shgs"
579    :terminals ("shgs.cf" "v20.t_p1" "v22.t_p1" "v23.t_r1"))
580   ("fl_sos"
581    :terminals ("sos.cf" "v10.t_r2" "v12.t_p2" "v19.t_r1" "v22.t_r2"))
582   ("grb.c"
583    :label "Grb2"
584    :model-name "Grb")
585   ("grb.n"
586    :value "85.0d0*v")
587   ("gs.c"
588    :label "Grb2_SOS"
589    :model-name "GS")
590   ("gs.n"
591    :value "0.0d0")
592   ("plcg.c"
593    :label "PLCg"
594    :model-name "PLCg")
595   ("plcg.n"
596    :value "105.0d0*v")
597   ("plcgl.c"
598    :label "PLCgP-I"
599    :model-name "PLCgl")
600   ("plcgl.n"
601    :value "0.0d0")
602   ("plcgp.c"
603    :label "PLCg-P"
604    :model-name "PLCgP")
605   ("plcgp.n"
606    :value "0.0d0")
607   ("r.c"
608    :label "EGFR"
609    :model-name "R")
610   ("r.n"
611    :value "100.0d0*v")
612   ("r2.c"
613    :label "(EGF_EGFR)2"
614    :model-name "R2")
615   ("r2.n"
616    :value "0.0d0")
617   ("ra.c"
618    :label "EGF_EGFR"
619    :model-name "Ra")
620   ("ra.n"
621    :value "0.0d0")
622   ("rg.c"
623    :label "(EGF_EGFR)2_Grb2"
624    :model-name "RG")
625   ("rg.n"
626    :value "0.0d0")
627   ("rgs.c"
628    :label "(EGF_EGFR)2_Grb2_SOS"
629    :model-name "RGS")
630   ("rgs.n"
631    :value "0.0d0")
632   ("rp.c"
633    :label "(EGF_EGFR)2-P"
634    :model-name "RP")
635   ("rp.n"
636    :value "0.0d0")
637   ("rplcg.c"
638    :label "(EGF_EGFR)2_PLCg"
639    :model-name "RPLCg")
640   ("rplcg.n"
641    :value "0.0d0")
642   ("rplcgp.c"
643    :label "(EGF_EGFR)2_PLCg-P"
644    :model-name "RPLCgP")
645   ("rplcgp.n"
646    :value "0.0d0")
647   ("rsh.c"
648    :label "(EGF_EGFR)2_Shc"
649    :model-name "RSh")
650   ("rsh.n"
651    :value "0.0d0")
652   ("rshg.c"
653    :label "(EGF_EGFR)2_Shc_Grb2"
654    :model-name "RShG")
655   ("rshg.n"
656    :value "0.0d0")
657   ("rshgs.c"
658    :label "(EGF_EGFR)2_Shc_Grb2_SOS"
659    :model-name "RShGS")
660   ("rshgs.n"
661    :value "0.0d0")
662   ("rshp.c"
663    :label "(EGF_EGFR)_Shc-P"
664    :model-name "RShP")
665   ("rshp.n"
666    :value "0.0d0")
667   ("shc_0_0.c"
668    :label "Shc"
669    :model-name "Shc")
670   ("shc_0_0.n"
671    :value "150.0d0*v")
672   ("shc_0_0cf_v13t_r1"
673    :terminals ("shc_0_0.cf" "v13.t_r1" "v16.t_p1"))
674   ("shc_0_p.c"
675    :label "Shc-P"
676    :model-name "ShP")
677   ("shc_0_p.n"
678    :value "0.0d0")
679   ("shc_0_pcf_v15t_p2"
680    :terminals ("shc_0_p.cf" "v15.t_p2" "v16.t_r1" "v21.t_r2"
681                "v23.t_p2"))
682   ("shg.c"
683    :label "Shc_Grb2"
684    :model-name "ShG")
685   ("shg.n"
686    :value "0.0d0")
687   ("shgs.c"
688    :label "Shc_Grb2_SOS"
689    :model-name "ShGS")
690   ("shgs.n"
691    :value "0.0d0")
692   ("sos.c"
693    :label "SOS"
694    :model-name "SOS")
695   ("sos.n"
696    :value "34.0d0*v")
697   ("v"
698    :label "cytoplasm"
699    :value "3.0d-12"
700    :model-name "compartment")
701   ("v1.k1b"
702    :value "0.06d0")
703   ("v1.k1f"
704    :value "0.003d0")
705   ("v1.r"
706    :label "EGF_binds_to_EGFR"
707    :value "(k1f*t_r1.c*t_r2.c-k1b*t_p1.c)*t_c1.v"
708    :model-name "v1")
709   ("v10.k10b"
710    :value "0.06d0")
711   ("v10.k10f"
712    :value "0.01d0")
713   ("v10.r"
714    :label "binding_of_SOS_to_RG"
715    :value "(k10f*t_r1.c*t_r2.c-k10b*t_p1.c)*t_c1.v"
716    :model-name "v10")
717   ("v11.k11b"
718    :value "0.0045d0")
719   ("v11.k11f"
720    :value "0.03d0")
721   ("v11.r"
722    :label "dissociation_of_RGS"
723    :value "(k11f*t_r1.c-k11b*t_p2.c*t_p1.c)*t_c1.v"
724    :model-name "v11")
725   ("v12.k12b"
726    :value "1.0d-4")
727   ("v12.k12f"
728    :value "0.0015d0")
729   ("v12.r"
730    :label "dissociation_of_GS"
731    :value "(k12f*t_r1.c-k12b*t_p1.c*t_p2.c)*t_c1.v"
732    :model-name "v12")
733   ("v13.k13b"
734    :value "0.6d0")
735   ("v13.k13f"
736    :value "0.09d0")
737   ("v13.r"
738    :label "binding_of_Shc_to_RP"
739    :value "(k13f*t_r2.c*t_r1.c-k13b*t_p1.c)*t_c1.v"
740    :model-name "v13")
741   ("v14.k14b"
742    :value "0.06d0")
743   ("v14.k14f"
744    :value "6.0d0")
745   ("v14.r"
746    :label "phosphorylation_of_RSh"
747    :value "(k14f*t_r1.c-k14b*t_p1.c)*t_c1.v"
748    :model-name "v14")
749   ("v15.k15b"
750    :value "9.0d-4")
751   ("v15.k15f"
752    :value "0.3d0")
753   ("v15.r"
754    :label "dissociation_of_RShp"
755    :value "(k15f*t_r1.c-k15b*t_p2.c*t_p1.c)*t_c1.v"
756    :model-name "v15")
757   ("v16.k16"
758    :value "340.0d0")
759   ("v16.r"
760    :label "dephosphorylation_of_ShP"
761    :value "v16*t_r1.c/(k16+t_r1.c)*t_c1.v"
762    :model-name "v16")
763   ("v16.reversible"
764    :value "0")
765   ("v16.v16"
766    :value "1.7d0")
767   ("v17.k17b"
768    :value "0.1d0")
769   ("v17.k17f"
770    :value "0.003d0")
771   ("v17.r"
772    :label "binding_of_Grb2_to_RShP"
773    :value "(k17f*t_r1.c*t_r2.c-k17b*t_p1.c)*t_c1.v"
774    :model-name "v17")
775   ("v18.k18b"
776    :value "9.0d-4")
777   ("v18.k18f"
778    :value "0.3d0")
779   ("v18.r"
780    :label "dissociation_of_RShG"
781    :value "(k18f*t_r1.c-k18b*t_p2.c*t_p1.c)*t_c1.v"
782    :model-name "v18")
783   ("v19.k19b"
784    :value "0.0214d0")
785   ("v19.k19f"
786    :value "0.01d0")
787   ("v19.r"
788    :label "binding_of_SOS_to_RShG"
789    :value "(k19f*t_r2.c*t_r1.c-k19b*t_p1.c)*t_c1.v"
790    :model-name "v19")
791   ("v2.gamma_r1"
792    :value "-2.0d0")
793   ("v2.k2b"
794    :value "0.1d0")
795   ("v2.k2f"
796    :value "0.01d0")
797   ("v2.r"
798    :label "association_of_2_Ra_into_dimer"
799    :value "(k2f*t_r1.c*t_r1.c-k2b*t_p1.c)*t_c1.v"
800    :model-name "v2")
801   ("v20.k20b"
802    :value "2.4d-4")
803   ("v20.k20f"
804    :value "0.12d0")
805   ("v20.r"
806    :label "dissociation_of_RShGS"
807    :value "(k20f*t_r1.c-k20b*t_p1.c*t_p2.c)*t_c1.v"
808    :model-name "v20")
809   ("v21.k21b"
810    :value "0.1d0")
811   ("v21.k21f"
812    :value "0.003d0")
813   ("v21.r"
814    :label "binding_of_Grb2_to_ShP"
815    :value "(k21f*t_r2.c*t_r1.c-k21b*t_p1.c)*t_c1.v"
816    :model-name "v21")
817   ("v22.k22b"
818    :value "0.064d0")
819   ("v22.k22f"
820    :value "0.03d0")
821   ("v22.r"
822    :label "binding_of_SOS_to_ShG"
823    :value "(k22f*t_r1.c*t_r2.c-k22b*t_p1.c)*t_c1.v"
824    :model-name "v22")
825   ("v23.k23b"
826    :value "0.021d0")
827   ("v23.k23f"
828    :value "0.1d0")
829   ("v23.r"
830    :label "dissociation_of_ShGS"
831    :value "(k23f*t_r1.c-k23b*t_p2.c*t_p1.c)*t_c1.v"
832    :model-name "v23")
833   ("v24.k24b"
834    :value "0.0429d0")
835   ("v24.k24f"
836    :value "0.009d0")
837   ("v24.r"
838    :label "association_of_RShP_and_GS"
839    :value "(k24f*t_r1.c*t_r2.c-k24b*t_p1.c)*t_c1.v"
840    :model-name "v24")
841   ("v25.k25b"
842    :value "0.03d0")
843   ("v25.k25f"
844    :value "1.0d0")
845   ("v25.r"
846    :label "translocation_of_PLCgP"
847    :value "(k25f*t_r1.c-k25b*t_p1.c)*t_c1.v"
848    :model-name "v25")
849   ("v3.k3b"
850    :value "0.01d0")
851   ("v3.k3f"
852    :value "1.0d0")
853   ("v3.r"
854    :label "phosphorylation_of_R2"
855    :value "(k3f*t_r1.c-k3b*t_p1.c)*t_c1.v"
856    :model-name "v3")
857   ("v4.k4"
858    :value "50.0d0")
859   ("v4.r"
860    :label "dephosphorylation_of_RP"
861    :value "v4*t_r1.c/(k4+t_r1.c)*t_c1.v"
862    :model-name "v4")
863   ("v4.reversible"
864    :value "0")
865   ("v4.v4"
866    :value "450.0d0")
867   ("v5.k5b"
868    :value "0.2d0")
869   ("v5.k5f"
870    :value "0.06d0")
871   ("v5.r"
872    :label "binding_of_PLCg_to_RP"
873    :value "(k5f*t_r1.c*t_r2.c-k5b*t_p1.c)*t_c1.v"
874    :model-name "v5")
875   ("v6.k6b"
876    :value "0.05d0")
877   ("v6.k6f"
878    :value "1.0d0")
879   ("v6.r"
880    :label "phosphorylation_of_PLCg"
881    :value "(k6f*t_r1.c-k6b*t_p1.c)*t_c1.v"
882    :model-name "v6")
883   ("v7.k7b"
884    :value "0.006d0")
885   ("v7.k7f"
886    :value "0.3d0")
887   ("v7.r"
888    :label "dissociation_of_RPLCgP"
889    :value "(k7f*t_r1.c-k7b*t_p2.c*t_p1.c)*t_c1.v"
890    :model-name "v7")
891   ("v8.k8"
892    :value "100.0d0")
893   ("v8.r"
894    :label "dephosphorylation_of_PLCgP"
895    :value "v8*t_r1.c/(k8+t_r1.c)*t_c1.v"
896    :model-name "v8")
897   ("v8.reversible"
898    :value "0")
899   ("v8.v8"
900    :value "1.0d0")
901   ("v9.k9b"
902    :value "0.05d0")
903   ("v9.k9f"
904    :value "0.003d0")
905   ("v9.r"
906    :label "binding_of_Grb2_to_RP"
907    :value "(k9f*t_r2.c*t_r1.c-k9b*t_p1.c)*t_c1.v"
908    :model-name "v9")
909   ("vl_compartment"
910    :terminals ("va.out" "v1.t_c1" "v2.t_c1" "v3.t_c1" "v4.t_c1"
911                "v5.t_c1" "v6.t_c1" "v7.t_c1" "v8.t_c1" "v9.t_c1"
912                "v10.t_c1" "v11.t_c1" "v12.t_c1" "v13.t_c1" "v14.t_c1"
913                "v15.t_c1" "v16.t_c1" "v17.t_c1" "v18.t_c1" "v19.t_c1"
914                "v20.t_c1" "v21.t_c1" "v22.t_c1" "v23.t_c1" "v24.t_c1"
915                "v25.t_c1")))
916  :modules
917  (("egf"
918    :is-a "speciesv"
919    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS" :resources
920                      ("urn:miriam:uniprot:P07522")))
921    :geometry-x "711"
922    :geometry-y "104")
923   ("grb"
924    :is-a "speciesv"
925    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS" :resources
926                      ("urn:miriam:uniprot:P62994")))
927    :geometry-x "99"
928    :geometry-y "454")
929   ("gs"
930    :is-a "speciesv"
931    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
932                      ("urn:miriam:uniprot:Q9Z1I1"
933                       "urn:miriam:uniprot:P62994")))
934    :geometry-x "182"
935    :geometry-y "321")
936   ("plcg"
937    :is-a "speciesv"
938    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_VERSION" :resources
939                      ("urn:miriam:uniprot:P24135"
940                       "urn:miriam:uniprot:P10686"))
941                     (:name "BQB_IS_VERSION_OF" :resources
942                      ("urn:miriam:interpro:IPR001192")))
943    :geometry-x "937"
944    :geometry-y "709")
945   ("plcgl"
946    :is-a "speciesv"
947    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_VERSION" :resources
948                      ("urn:miriam:uniprot:P10686"
949                       "urn:miriam:uniprot:P24135"))
950                     (:name "BQB_IS_VERSION_OF" :resources
951                      ("urn:miriam:interpro:IPR001192")))
952    :geometry-x "786"
953    :geometry-y "862")
954   ("plcgp"
955    :is-a "speciesv"
956    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS_VERSION_OF" :resources
957                      ("urn:miriam:uniprot:P10686"
958                       "urn:miriam:uniprot:P24135"))
959                     (:name "BQB_HAS_VERSION" :resources
960                      ("urn:miriam:interpro:IPR001192")))
961    :geometry-x "850"
962    :geometry-y "792")
963   ("r"
964    :is-a "speciesv"
965    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS_VERSION_OF" :resources
966                      ("urn:miriam:uniprot:Q9QX70")))
967    :geometry-x "807"
968    :geometry-y "163")
969   ("r2"
970    :is-a "speciesv"
971    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
972                      ("urn:miriam:uniprot:Q9QX70"
973                       "urn:miriam:uniprot:P07522")))
974    :geometry-x "769"
975    :geometry-y "297")
976   ("ra"
977    :is-a "speciesv"
978    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
979                      ("urn:miriam:uniprot:P07522"
980                       "urn:miriam:uniprot:Q9QX70")))
981    :geometry-x "801"
982    :geometry-y "88")
983   ("rg"
984    :is-a "speciesv"
985    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
986                      ("urn:miriam:uniprot:Q9QX70"
987                       "urn:miriam:uniprot:P62994")))
988    :geometry-x "533"
989    :geometry-y "896")
990   ("rgs"
991    :is-a "speciesv"
992    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
993                      ("urn:miriam:uniprot:Q9Z1I1"
994                       "urn:miriam:uniprot:P62994"
995                       "urn:miriam:uniprot:Q9QX70")))
996    :geometry-x "611"
997    :geometry-y "849")
998   ("rp"
999    :is-a "speciesv"
1000    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS_VERSION_OF" :resources
1001                      ("urn:miriam:uniprot:Q9QX70")))
1002    :geometry-x "678"
1003    :geometry-y "501")
1004   ("rplcg"
1005    :is-a "speciesv"
1006    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_VERSION" :resources
1007                      ("urn:miriam:uniprot:P24135"
1008                       "urn:miriam:uniprot:Q9QX70"
1009                       "urn:miriam:uniprot:Q9QX70"
1010                       "urn:miriam:uniprot:P10686")))
1011    :geometry-x "977"
1012    :geometry-y "568")
1013   ("rplcgp"
1014    :is-a "speciesv"
1015    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_VERSION" :resources
1016                      ("urn:miriam:uniprot:Q9QX70"
1017                       "urn:miriam:uniprot:Q9QX70"
1018                       "urn:miriam:uniprot:P10686"
1019                       "urn:miriam:uniprot:P24135")))
1020    :geometry-x "956"
1021    :geometry-y "442")
1022   ("rsh"
1023    :is-a "speciesv"
1024    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
1025                      ("urn:miriam:uniprot:Q5M824"
1026                       "urn:miriam:uniprot:Q9QX70")))
1027    :geometry-x "392"
1028    :geometry-y "963")
1029   ("rshg"
1030    :is-a "speciesv"
1031    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
1032                      ("urn:miriam:uniprot:Q9QX70"
1033                       "urn:miriam:uniprot:P62994"
1034                       "urn:miriam:uniprot:Q5M824")))
1035    :geometry-x "143"
1036    :geometry-y "574")
1037   ("rshgs"
1038    :is-a "speciesv"
1039    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
1040                      ("urn:miriam:uniprot:Q9QX70"
1041                       "urn:miriam:uniprot:Q9Z1I1"
1042                       "urn:miriam:uniprot:Q5M824"
1043                       "urn:miriam:uniprot:P62994")))
1044    :geometry-x "501"
1045    :geometry-y "229")
1046   ("rshp"
1047    :is-a "speciesv"
1048    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
1049                      ("urn:miriam:uniprot:Q9QX70"
1050                       "urn:miriam:uniprot:Q5M824")))
1051    :geometry-x "181"
1052    :geometry-y "744")
1053   ("shc_0_0"
1054    :is-a "speciesv"
1055    :geometry-x "257"
1056    :geometry-y "911"
1057    :graphical-flip "00"
1058    :graphical-rotation "0")
1059   ("shc_0_p"
1060    :is-a "speciesv"
1061    :geometry-x "77"
1062    :geometry-y "582"
1063    :graphical-flip "00"
1064    :graphical-rotation "0")
1065   ("shg"
1066    :is-a "speciesv"
1067    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
1068                      ("urn:miriam:uniprot:P62994"
1069                       "urn:miriam:uniprot:Q5M824")))
1070    :geometry-x "240"
1071    :geometry-y "193")
1072   ("shgs"
1073    :is-a "speciesv"
1074    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
1075                      ("urn:miriam:uniprot:Q9Z1I1"
1076                       "urn:miriam:uniprot:P62994"
1077                       "urn:miriam:uniprot:Q5M824")))
1078    :geometry-x "411"
1079    :geometry-y "140")
1080   ("sos"
1081    :is-a "speciesv"
1082    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS" :resources
1083                      ("urn:miriam:uniprot:Q9Z1I1")))
1084    :geometry-x "322"
1085    :geometry-y "245")
1086   ("v1"
1087    :is-a "kin-2-1_0_1_k1f_k1b"
1088    :geometry-x "711"
1089    :geometry-y "203")
1090   ("v10"
1091    :is-a "kin-2-1_0_1_k10f_k10b"
1092    :geometry-x "500"
1093    :geometry-y "643")
1094   ("v11"
1095    :is-a "kin-1-2_0_1_k11f_k11b"
1096    :geometry-x "467"
1097    :geometry-y "557")
1098   ("v12"
1099    :is-a "kin-1-2_0_1_k12f_k12b"
1100    :geometry-x "320"
1101    :geometry-y "471")
1102   ("v13"
1103    :is-a "kin-2-1_0_1_k13f_k13b"
1104    :geometry-x "425"
1105    :geometry-y "727")
1106   ("v14"
1107    :is-a "kin-1-1_0_1_k14f_k14b"
1108    :geometry-x "363"
1109    :geometry-y "733")
1110   ("v15"
1111    :is-a "kin-1-2_0_1_k15f_k15b"
1112    :geometry-x "376"
1113    :geometry-y "584")
1114   ("v16"
1115    :is-a "kin-1-1_0_1_v16_k16"
1116    :geometry-x "291"
1117    :geometry-y "689")
1118   ("v17"
1119    :is-a "kin-2-1_0_1_k17f_k17b"
1120    :geometry-x "303"
1121    :geometry-y "572")
1122   ("v18"
1123    :is-a "kin-1-2_0_1_k18f_k18b"
1124    :geometry-x "417"
1125    :geometry-y "432")
1126   ("v19"
1127    :is-a "kin-2-1_0_1_k19f_k19b"
1128    :geometry-x "416"
1129    :geometry-y "474")
1130   ("v2"
1131    :is-a "kin-1-1_0_1_k2f_k2b"
1132    :geometry-x "663"
1133    :geometry-y "293")
1134   ("v20"
1135    :is-a "kin-1-2_0_1_k20f_k20b"
1136    :geometry-x "495"
1137    :geometry-y "409")
1138   ("v21"
1139    :is-a "kin-2-1_0_1_k21f_k21b"
1140    :geometry-x "262"
1141    :geometry-y "446")
1142   ("v22"
1143    :is-a "kin-2-1_0_1_k22f_k22b"
1144    :geometry-x "393"
1145    :geometry-y "341")
1146   ("v23"
1147    :is-a "kin-1-2_0_1_k23f_k23b"
1148    :geometry-x "330"
1149    :geometry-y "394")
1150   ("v24"
1151    :is-a "kin-2-1_0_1_k24f_k24b"
1152    :geometry-x "370"
1153    :geometry-y "496")
1154   ("v25"
1155    :is-a "kin-1-1_0_1_k25f_k25b"
1156    :geometry-x "707"
1157    :geometry-y "763")
1158   ("v3"
1159    :is-a "kin-1-1_0_1_k3f_k3b"
1160    :geometry-x "610"
1161    :geometry-y "472")
1162   ("v4"
1163    :is-a "kin-1-1_0_1_v4_k4"
1164    :geometry-x "590"
1165    :geometry-y "426")
1166   ("v5"
1167    :is-a "kin-2-1_0_1_k5f_k5b"
1168    :geometry-x "733"
1169    :geometry-y "581")
1170   ("v6"
1171    :is-a "kin-1-1_0_1_k6f_k6b"
1172    :geometry-x "792"
1173    :geometry-y "523")
1174   ("v7"
1175    :is-a "kin-1-2_0_1_k7f_k7b"
1176    :geometry-x "678"
1177    :geometry-y "574")
1178   ("v8"
1179    :is-a "kin-1-1_0_1_v8_k8"
1180    :geometry-x "736"
1181    :geometry-y "665")
1182   ("v9"
1183    :is-a "kin-2-1_0_1_k9f_k9b"
1184    :geometry-x "451"
1185    :geometry-y "607")
1186   ("va"
1187    :is-a "adapter-volume-pop"
1188    :geometry-x "582"
1189    :geometry-y "593"))
1190  :links
1191  (("fl_egf")
1192   ("fl_grb"
1193    :nodes (("243" "507"))
1194    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
1195            ("4" "-1" nil)))
1196   ("fl_gs"
1197    :nodes (("306" "430"))
1198    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
1199            ("4" "-1" nil)))
1200   ("fl_plcg"
1201    :nodes (("827" "669"))
1202    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
1203   ("fl_plcgl")
1204   ("fl_plcgp"
1205    :nodes (("755" "719"))
1206    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
1207   ("fl_r")
1208   ("fl_r2"
1209    :nodes (("670" "358"))
1210    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
1211   ("fl_ra"
1212    :nodes (("733" "165"))
1213    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
1214   ("fl_rg"
1215    :nodes (("497" "757"))
1216    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
1217   ("fl_rgs"
1218    :nodes (("543" "723"))
1219    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
1220   ("fl_rp"
1221    :nodes (("549" "537"))
1222    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
1223            ("4" "-1" nil) ("5" "-1" nil) ("6" "-1" nil) ("7" "-1" nil)
1224            ("8" "-1" nil) ("9" "-1" nil) ("10" "-1" nil)))
1225   ("fl_rplcg"
1226    :nodes (("860" "563"))
1227    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
1228   ("fl_rplcgp"
1229    :nodes (("846" "489"))
1230    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
1231   ("fl_rsh"
1232    :nodes (("383" "849"))
1233    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
1234   ("fl_rshg"
1235    :nodes (("288" "526"))
1236    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
1237   ("fl_rshgs"
1238    :nodes (("450" "375"))
1239    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
1240   ("fl_rshp"
1241    :nodes (("293" "644"))
1242    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
1243            ("4" "-1" nil)))
1244   ("fl_shg"
1245    :nodes (("304" "327"))
1246    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
1247   ("fl_shgs"
1248    :nodes (("408" "282"))
1249    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
1250   ("fl_sos"
1251    :nodes (("372" "415"))
1252    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
1253            ("4" "-1" nil)))
1254   ("shc_0_0cf_v13t_r1"
1255    :nodes (("298" "811"))
1256    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
1257   ("shc_0_pcf_v15t_p2"
1258    :nodes (("231" "555"))
1259    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
1260            ("4" "-1" nil)))
1261   ("vl_compartment"
1262    :nodes (("501" "543"))
1263    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
1264            ("4" "-1" nil) ("5" "-1" nil) ("6" "-1" nil) ("7" "-1" nil)
1265            ("8" "-1" nil) ("9" "-1" nil) ("10" "-1" nil)
1266            ("11" "-1" nil) ("12" "-1" nil) ("13" "-1" nil)
1267            ("14" "-1" nil) ("15" "-1" nil) ("16" "-1" nil)
1268            ("17" "-1" nil) ("18" "-1" nil) ("19" "-1" nil)
1269            ("20" "-1" nil) ("21" "-1" nil) ("22" "-1" nil)
1270            ("23" "-1" nil) ("24" "-1" nil) ("25" "-1" nil)))))
1271
1272
1273(define-module
1274  :class "kholodenko1999_egfrsignaling"
1275  :super-classes ("sbml-model")
1276  :documentation "
1277      <body xmlns=\"http://www.w3.org/1999/xhtml\">
1278        <p align=\"left\">
1279          <font face=\"Arial, Helvetica, sans-serif\">
1280            <b>
1281              <a href=\"http://www.sbml.org/\">SBML</a> level 2 code generated for the JWS Online project by Jacky Snoep using <a href=\"http://pysces.sourceforge.net/\">PySCeS</a>
1282              <br></br>
1283Run this model online at <a href=\"http://jjj.biochem.sun.ac.za/\">http://jjj.biochem.sun.ac.za</a>
1284              <br></br>
1285To cite JWS Online please refer to: Olivier, B.G. and Snoep, J.L. (2004) <a href=\"http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/13/2143\">Web-based
1286modelling using JWS Online</a>, Bioinformatics, 20:2143-2144
1287 </b>
1288            </font>
1289          </p>
1290          <p>
1291The model correctly reproduces all the figures from the paper. The curation has been done using SBMLodeSolver.
1292</p>
1293          <p>This model originates from BioModels Database: A Database of Annotated Published Models. It is copyright (c) 2005-2009 The BioModels Team.<br></br>For more information see the <a href=\"http://www.ebi.ac.uk/biomodels/legal.html\" target=\"_blank\">terms of use</a>.<br></br>To cite BioModels Database, please use <a href=\"http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&amp;pubmedid=16381960\" target=\"_blank\"> Le Nov&#xe8;re N., Bornstein B., Broicher A., Courtot M., Donizelli M., Dharuri H., Li L., Sauro H., Schilstra M., Shapiro B., Snoep J.L., Hucka M. (2006) BioModels Database: A Free, Centralized Database of Curated, Published, Quantitative Kinetic Models of Biochemical and Cellular Systems Nucleic Acids Res., 34: D689-D691.</a>
1294        </p>
1295      </body>
1296    "
1297  :rdf-annotation ((:name "BQM_IS" :resources
1298                    ("urn:miriam:biomodels.db:BIOMD0000000048"))
1299                   (:name "BQM_IS_DESCRIBED_BY" :resources
1300                    ("urn:miriam:pubmed:10514507"))
1301                   (:name "BQB_IS" :resources
1302                    ("urn:miriam:taxonomy:10116"
1303                     "urn:miriam:obo.go:GO%3A0007173")))
1304  :geometry-width "333"
1305  :geometry-height "347"
1306  :modules
1307  (("compartment"
1308    :is-a "kholodenko1999_egfrsignaling-compartment"
1309    :geometry-x "161"
1310    :geometry-y "177")))
1311
1312
1313(define-module
1314  :class "kin-1-1_2"
1315  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
1316  :icon "icons/rev_l"
1317  :terminals
1318  (("t_m1"
1319    :is-a "tsig"
1320    :geometry-side "top"
1321    :geometry-position "0.33333334")
1322   ("t_m2"
1323    :is-a "tsig"
1324    :geometry-side "top"
1325    :geometry-position "0.6666667")))
1326
1327
1328(define-module
1329  :class "kin-2-1_0"
1330  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
1331  :icon "icons/rev_l")
1332
1333
1334(define-module
1335  :class "insulin_reduced2_xml-cell"
1336  :super-classes ("compartment")
1337  :rdf-annotation ((:name "BQB_IS" :resources
1338                    ("urn:miriam:obo.go:GO%3A0005737")))
1339  :geometry-width "1739"
1340  :geometry-height "1870"
1341  :parameters
1342  (("cl_xirsgrb2"
1343    :terminals ("ca_xirsgrb2.co" "reaction_14.t_m1" "reaction_15.t_m1"))
1344   ("cl_xirsgrb2b"
1345    :terminals ("ca_xirsgrb2b.co" "reaction_14.t_m2" "reaction_15.t_m2"))
1346   ("cl_xrirs"
1347    :terminals ("ca_xrirs.co" "reaction_8.t_m1" "reaction_9.t_m1"
1348                "reaction_10.t_m1" "reaction_11.t_m1"))
1349   ("cl_xrirsb"
1350    :terminals ("ca_xrirsb.co" "reaction_8.t_m2" "reaction_9.t_m2"
1351                "reaction_10.t_m2" "reaction_11.t_m2"))
1352   ("cl_xrshc"
1353    :terminals ("ca_xrshc.co" "reaction_4.t_m1" "reaction_5.t_m1"
1354                "reaction_6.t_m1" "reaction_7.t_m1"))
1355   ("cl_xrshcb"
1356    :terminals ("ca_xrshcb.co" "reaction_4.t_m2" "reaction_5.t_m2"
1357                "reaction_6.t_m2" "reaction_7.t_m2"))
1358   ("cl_xshc"
1359    :terminals ("ca_xshc.co" "reaction_18.t_m1" "reaction_19.t_m1"))
1360   ("cl_xshcb"
1361    :terminals ("ca_xshcb.co" "reaction_18.t_m2" "reaction_19.t_m2"))
1362   ("fl_grb2_0_0"
1363    :terminals ("grb2_0_0.cf" "reaction_20.t_r2" "reaction_22.t_r1"
1364                "reaction_25.t_r2"))
1365   ("fl_grb2_0_sos"
1366    :terminals ("grb2_0_sos.cf" "reaction_21.t_r2" "reaction_22.t_p1"
1367                "reaction_26.t_r2"))
1368   ("fl_grb2_irs_0"
1369    :terminals ("grb2_irs_0.cf" "reaction_20.t_p1" "reaction_23.t_r1"
1370                "fa_grb2_irs_0.in"))
1371   ("fl_grb2_irs_sos"
1372    :terminals ("grb2_irs_sos.cf" "reaction_21.t_p1" "reaction_23.t_p1"
1373                "fa_grb2_irs_sos.in"))
1374   ("fl_grb2_irs_x"
1375    :terminals ("grb2_irs_x.cf" "fa_grb2_irs_x.in"))
1376   ("fl_grb2_shc_0"
1377    :terminals ("grb2_shc_0.cf" "reaction_24.t_r1" "reaction_25.t_p1"
1378                "fa_grb2_shc_0.in"))
1379   ("fl_grb2_shc_sos"
1380    :terminals ("grb2_shc_sos.cf" "reaction_24.t_p1" "reaction_26.t_p1"
1381                "fa_grb2_shc_sos.in"))
1382   ("fl_grb2_shc_x"
1383    :terminals ("grb2_shc_x.cf" "fa_grb2_shc_x.in"))
1384   ("fl_ins"
1385    :terminals ("ins.cf" "reaction_0.t_r2" "reaction_1.t_r2"
1386                "reaction_2.t_r2" "reaction_3.t_r2" "fa_ins.in"))
1387   ("fl_irsxpgrb2"
1388    :terminals ("irsxpgrb2.cf" "reaction_20.t_r1" "reaction_21.t_r1"
1389                "fa_irsxpgrb2.in"))
1390   ("fl_irs_0_0"
1391    :terminals ("irs_0_0.cf" "reaction_12.t_r2" "reaction_14.t_r1"))
1392   ("fl_irs_0_p"
1393    :terminals ("irs_0_p.cf" "reaction_13.t_r2" "reaction_14.t_p1"
1394                "fa_irs_0_p.in"))
1395   ("fl_irs_r_0"
1396    :terminals ("irs_r_0.cf" "reaction_12.t_p1" "reaction_15.t_r1"
1397                "fa_irs_r_0.in"))
1398   ("fl_irs_r_p"
1399    :terminals ("irs_r_p.cf" "reaction_13.t_p1" "reaction_15.t_p1"
1400                "fa_irs_r_p.in"))
1401   ("fl_irs_r_x"
1402    :terminals ("irs_r_x.cf" "fa_irs_r_x.in"))
1403   ("fl_irs_x_p"
1404    :terminals ("irs_x_p.cf" "fa_irs_x_p.in"))
1405   ("fl_rxpirs"
1406    :terminals ("rxpirs.cf" "reaction_12.t_r1" "reaction_13.t_r1"
1407                "fa_rxpirs.in"))
1408   ("fl_rxpshc"
1409    :terminals ("rxpshc.cf" "reaction_16.t_r1" "reaction_17.t_r1"
1410                "fa_rxpshc.in"))
1411   ("fl_r_0_0_0"
1412    :terminals ("r_0_0_0.cf" "reaction_0.t_r1" "reaction_4.t_r1"
1413                "reaction_8.t_r1"))
1414   ("fl_r_0_0_p"
1415    :terminals ("r_0_0_p.cf" "reaction_1.t_r1" "reaction_5.t_r1"
1416                "reaction_8.t_p1" "fa_r_0_0_p.in"))
1417   ("fl_r_0_p_0"
1418    :terminals ("r_0_p_0.cf" "reaction_2.t_r1" "reaction_4.t_p1"
1419                "reaction_9.t_r1" "fa_r_0_p_0.in"))
1420   ("fl_r_0_p_p"
1421    :terminals ("r_0_p_p.cf" "reaction_3.t_r1" "reaction_5.t_p1"
1422                "reaction_9.t_p1" "fa_r_0_p_p.in"))
1423   ("fl_r_i_0_0"
1424    :terminals ("r_i_0_0.cf" "reaction_0.t_p1" "reaction_6.t_r1"
1425                "reaction_10.t_r1"))
1426   ("fl_r_i_0_p"
1427    :terminals ("r_i_0_p.cf" "reaction_1.t_p1" "reaction_7.t_r1"
1428                "reaction_10.t_p1" "fa_r_i_0_p.in"))
1429   ("fl_r_i_p_0"
1430    :terminals ("r_i_p_0.cf" "reaction_2.t_p1" "reaction_6.t_p1"
1431                "reaction_11.t_r1" "fa_r_i_p_0.in"))
1432   ("fl_r_i_p_p"
1433    :terminals ("r_i_p_p.cf" "reaction_3.t_p1" "reaction_7.t_p1"
1434                "reaction_11.t_p1" "fa_r_i_p_p.in"))
1435   ("fl_r_x_p_x"
1436    :terminals ("r_x_p_x.cf" "fa_r_x_p_x.in"))
1437   ("fl_r_x_x_p"
1438    :terminals ("r_x_x_p.cf" "fa_r_x_x_p.in"))
1439   ("fl_shcxp"
1440    :terminals ("shcxp.cf" "reaction_25.t_r1" "reaction_26.t_r1"
1441                "fa_shcxp.in"))
1442   ("fl_shc_0_0"
1443    :terminals ("shc_0_0.cf" "reaction_16.t_r2" "reaction_18.t_r1"))
1444   ("fl_shc_0_p"
1445    :terminals ("shc_0_p.cf" "reaction_17.t_r2" "reaction_18.t_p1"
1446                "fa_shc_0_p.in"))
1447   ("fl_shc_r_0"
1448    :terminals ("shc_r_0.cf" "reaction_16.t_p1" "reaction_19.t_r1"
1449                "fa_shc_r_0.in"))
1450   ("fl_shc_r_p"
1451    :terminals ("shc_r_p.cf" "reaction_17.t_p1" "reaction_19.t_p1"
1452                "fa_shc_r_p.in"))
1453   ("fl_shc_r_x"
1454    :terminals ("shc_r_x.cf" "fa_shc_r_x.in"))
1455   ("fl_shc_x_p"
1456    :terminals ("shc_x_p.cf" "fa_shc_x_p.in"))
1457   ("fl_sos"
1458    :terminals ("sos.cf" "reaction_22.t_r2" "reaction_23.t_r2"
1459                "reaction_24.t_r2"))
1460   ("fl_xirsgrb2"
1461    :terminals ("xirsgrb2.cf" "ca_xirsgrb2.cf" "fa_xirsgrb2.in"))
1462   ("fl_xirsgrb2b"
1463    :terminals ("xirsgrb2b.cf" "ca_xirsgrb2b.cf" "fa_xirsgrb2b.in"))
1464   ("fl_xrirs"
1465    :terminals ("xrirs.cf" "ca_xrirs.cf" "fa_xrirs.in"))
1466   ("fl_xrirsb"
1467    :terminals ("xrirsb.cf" "ca_xrirsb.cf" "fa_xrirsb.in"))
1468   ("fl_xrshc"
1469    :terminals ("xrshc.cf" "ca_xrshc.cf" "fa_xrshc.in"))
1470   ("fl_xrshcb"
1471    :terminals ("xrshcb.cf" "ca_xrshcb.cf" "fa_xrshcb.in"))
1472   ("fl_xshc"
1473    :terminals ("xshc.cf" "ca_xshc.cf" "fa_xshc.in"))
1474   ("fl_xshcb"
1475    :terminals ("xshcb.cf" "ca_xshcb.cf" "fa_xshcb.in"))
1476   ("grb2_0_0.n"
1477    :label "Grb2_0_0"
1478    :value "40.0d0"
1479    :model-name "Grb2_0_0")
1480   ("grb2_0_sos.n"
1481    :label "Grb2_0_SOS"
1482    :value "0.001d0"
1483    :model-name "Grb2_0_SOS")
1484   ("grb2_irs_0.n"
1485    :label "Grb2_IRS_0"
1486    :value "0.001d0"
1487    :model-name "Grb2_IRS_0")
1488   ("grb2_irs_sos.n"
1489    :label "Grb2_IRS_SOS"
1490    :value "0.001d0"
1491    :model-name "Grb2_IRS_SOS")
1492   ("grb2_irs_x.n"
1493    :label "Grb2_IRS_X"
1494    :value "1.0d0"
1495    :model-name "Grb2_IRS_X")
1496   ("grb2_shc_0.n"
1497    :label "Grb2_Shc_0"
1498    :value "0.001d0"
1499    :model-name "Grb2_Shc_0")
1500   ("grb2_shc_sos.n"
1501    :label "Grb2_Shc_SOS"
1502    :value "0.001d0"
1503    :model-name "Grb2_Shc_SOS")
1504   ("grb2_shc_x.n"
1505    :label "Grb2_Shc_X"
1506    :value "1.0d0"
1507    :model-name "Grb2_Shc_X")
1508   ("ins.n"
1509    :label "Ins"
1510    :value "1.0d0"
1511    :model-name "Ins")
1512   ("irsxpgrb2.n"
1513    :label "IrsXpGrb2"
1514    :value "1.0d0"
1515    :model-name "IrsXpGrb2")
1516   ("irs_0_0.n"
1517    :label "IRS_0_0"
1518    :value "250.0d0"
1519    :model-name "IRS_0_0")
1520   ("irs_0_p.n"
1521    :label "IRS_0_P"
1522    :value "0.001d0"
1523    :model-name "IRS_0_P")
1524   ("irs_r_0.n"
1525    :label "IRS_R_0"
1526    :value "0.001d0"
1527    :model-name "IRS_R_0")
1528   ("irs_r_p.n"
1529    :label "IRS_R_P"
1530    :value "0.001d0"
1531    :model-name "IRS_R_P")
1532   ("irs_r_x.n"
1533    :label "IRS_R_X"
1534    :value "1.0d0"
1535    :model-name "IRS_R_X")
1536   ("irs_x_p.n"
1537    :label "IRS_X_P"
1538    :value "1.0d0"
1539    :model-name "IRS_X_P")
1540   ("reaction_0.r"
1541    :label "reaction_0"
1542    :value "root.ki1*t_r1.c*t_r2.c-root.ki1d*t_p1.c"
1543    :model-name "reaction_0")
1544   ("reaction_1.r"
1545    :label "reaction_1"
1546    :value "root.ki1*t_r1.c*t_r2.c-root.ki1d*t_p1.c"
1547    :model-name "reaction_1")
1548   ("reaction_10.r"
1549    :label "reaction_10"
1550    :value "root.kp21*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kp21d*t_p1.c"
1551    :model-name "reaction_10")
1552   ("reaction_11.r"
1553    :label "reaction_11"
1554    :value "root.kp21*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kp21d*t_p1.c"
1555    :model-name "reaction_11")
1556   ("reaction_12.r"
1557    :label "reaction_12"
1558    :value "root.kbirs*t_r1.c*t_r2.c-root.kbirsd*t_p1.c"
1559    :model-name "reaction_12")
1560   ("reaction_13.r"
1561    :label "reaction_13"
1562    :value "root.kbirs*t_r1.c*t_r2.c-root.kbirsd*t_p1.c"
1563    :model-name "reaction_13")
1564   ("reaction_14.r"
1565    :label "reaction_14"
1566    :value "root.kirsp6*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kirsp6d*t_p1.c"
1567    :model-name "reaction_14")
1568   ("reaction_15.r"
1569    :label "reaction_15"
1570    :value "root.kirsbp6*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kirsbp6d*t_p1.c"
1571    :model-name "reaction_15")
1572   ("reaction_16.r"
1573    :label "reaction_16"
1574    :value "root.kbshc*t_r1.c*t_r2.c-root.kbshcd*t_p1.c"
1575    :model-name "reaction_16")
1576   ("reaction_17.r"
1577    :label "reaction_17"
1578    :value "root.kbshc*t_r1.c*t_r2.c-root.kbshcd*t_p1.c"
1579    :model-name "reaction_17")
1580   ("reaction_18.r"
1581    :label "reaction_18"
1582    :value "root.kshcp*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kshcpd*t_p1.c"
1583    :model-name "reaction_18")
1584   ("reaction_19.r"
1585    :label "reaction_19"
1586    :value "root.kshcbp*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kshcbpd*t_p1.c"
1587    :model-name "reaction_19")
1588   ("reaction_2.r"
1589    :label "reaction_2"
1590    :value "root.ki1*t_r1.c*t_r2.c-root.ki1d*t_p1.c"
1591    :model-name "reaction_2")
1592   ("reaction_20.r"
1593    :label "reaction_20"
1594    :value "root.kbirsgrb2*t_r1.c*t_r2.c-root.kbirsgrb2d*t_p1.c"
1595    :model-name "reaction_20")
1596   ("reaction_21.r"
1597    :label "reaction_21"
1598    :value "root.kbirsgrb2sos*t_r1.c*t_r2.c-root.kbirsgrb2sosd*t_p1.c"
1599    :model-name "reaction_21")
1600   ("reaction_22.r"
1601    :label "reaction_22"
1602    :value "root.kbsos*t_r1.c*t_r2.c-root.kbsosd*t_p1.c"
1603    :model-name "reaction_22")
1604   ("reaction_23.r"
1605    :label "reaction_23"
1606    :value "root.kbsos*t_r1.c*t_r2.c-root.kbsosd*t_p1.c"
1607    :model-name "reaction_23")
1608   ("reaction_24.r"
1609    :label "reaction_24"
1610    :value "root.kbsos*t_r1.c*t_r2.c-root.kbsosd*t_p1.c"
1611    :model-name "reaction_24")
1612   ("reaction_25.r"
1613    :label "reaction_25"
1614    :value "root.kbshcgrb2*t_r1.c*t_r2.c-root.kbshcgrb2d*t_p1.c"
1615    :model-name "reaction_25")
1616   ("reaction_26.r"
1617    :label "reaction_26"
1618    :value "root.kbshcgrb2sos*t_r1.c*t_r2.c-root.kbshcgrb2sosd*t_p1.c"
1619    :model-name "reaction_26")
1620   ("reaction_3.r"
1621    :label "reaction_3"
1622    :value "root.ki1*t_r1.c*t_r2.c-root.ki1d*t_p1.c"
1623    :model-name "reaction_3")
1624   ("reaction_4.r"
1625    :label "reaction_4"
1626    :value "root.kp10*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kp10d*t_p1.c"
1627    :model-name "reaction_4")
1628   ("reaction_5.r"
1629    :label "reaction_5"
1630    :value "root.kp10*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kp10d*t_p1.c"
1631    :model-name "reaction_5")
1632   ("reaction_6.r"
1633    :label "reaction_6"
1634    :value "root.kp11*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kp11d*t_p1.c"
1635    :model-name "reaction_6")
1636   ("reaction_7.r"
1637    :label "reaction_7"
1638    :value "root.kp11*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kp11d*t_p1.c"
1639    :model-name "reaction_7")
1640   ("reaction_8.r"
1641    :label "reaction_8"
1642    :value "root.kp20*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kp20d*t_p1.c"
1643    :model-name "reaction_8")
1644   ("reaction_9.r"
1645    :label "reaction_9"
1646    :value "root.kp20*t_r1.c-(t_m1.c-t_m2.c)/t_m1.c*root.kp20d*t_p1.c"
1647    :model-name "reaction_9")
1648   ("rxpirs.n"
1649    :label "RXpIrs"
1650    :value "1.0d0"
1651    :model-name "RXpIrs")
1652   ("rxpshc.n"
1653    :label "RXpShc"
1654    :value "1.0d0"
1655    :model-name "RXpShc")
1656   ("r_0_0_0.n"
1657    :label "R_0_0_0"
1658    :value "40.0d0"
1659    :model-name "R_0_0_0")
1660   ("r_0_0_p.n"
1661    :label "R_0_0_P"
1662    :value "0.001d0"
1663    :model-name "R_0_0_P")
1664   ("r_0_p_0.n"
1665    :label "R_0_P_0"
1666    :value "0.001d0"
1667    :model-name "R_0_P_0")
1668   ("r_0_p_p.n"
1669    :label "R_0_P_P"
1670    :value "0.001d0"
1671    :model-name "R_0_P_P")
1672   ("r_i_0_0.n"
1673    :label "R_I_0_0"
1674    :value "0.001d0"
1675    :model-name "R_I_0_0")
1676   ("r_i_0_p.n"
1677    :label "R_I_0_P"
1678    :value "0.001d0"
1679    :model-name "R_I_0_P")
1680   ("r_i_p_0.n"
1681    :label "R_I_P_0"
1682    :value "0.001d0"
1683    :model-name "R_I_P_0")
1684   ("r_i_p_p.n"
1685    :label "R_I_P_P"
1686    :value "0.001d0"
1687    :model-name "R_I_P_P")
1688   ("r_x_p_x.n"
1689    :label "R_X_P_X"
1690    :value "1.0d0"
1691    :model-name "R_X_P_X")
1692   ("r_x_x_p.n"
1693    :label "R_X_X_P"
1694    :value "1.0d0"
1695    :model-name "R_X_X_P")
1696   ("shcxp.n"
1697    :label "ShcXp"
1698    :value "1.0d0"
1699    :model-name "ShcXp")
1700   ("shc_0_0.n"
1701    :label "Shc_0_0"
1702    :value "50.0d0"
1703    :model-name "Shc_0_0")
1704   ("shc_0_p.n"
1705    :label "Shc_0_P"
1706    :value "0.001d0"
1707    :model-name "Shc_0_P")
1708   ("shc_r_0.n"
1709    :label "Shc_R_0"
1710    :value "0.001d0"
1711    :model-name "Shc_R_0")
1712   ("shc_r_p.n"
1713    :label "Shc_R_P"
1714    :value "0.001d0"
1715    :model-name "Shc_R_P")
1716   ("shc_r_x.n"
1717    :label "Shc_R_X"
1718    :value "1.0d0"
1719    :model-name "Shc_R_X")
1720   ("shc_x_p.n"
1721    :label "Shc_X_P"
1722    :value "1.0d0"
1723    :model-name "Shc_X_P")
1724   ("sos.n"
1725    :label "SOS"
1726    :value "40.0d0"
1727    :model-name "SOS")
1728   ("v"
1729    :label "cell"
1730    :value "1.0d0"
1731    :model-name "cell")
1732   ("xirsgrb2.n"
1733    :label "xIrsGrb2"
1734    :value "1.0d0"
1735    :model-name "xIrsGrb2")
1736   ("xirsgrb2b.n"
1737    :label "xIrsGrb2b"
1738    :value "1.0d0"
1739    :model-name "xIrsGrb2b")
1740   ("xrirs.n"
1741    :label "xRIrs"
1742    :value "1.0d0"
1743    :model-name "xRIrs")
1744   ("xrirsb.n"
1745    :label "xRIrsb"
1746    :value "1.0d0"
1747    :model-name "xRIrsb")
1748   ("xrshc.n"
1749    :label "xRShc"
1750    :value "1.0d0"
1751    :model-name "xRShc")
1752   ("xrshcb.n"
1753    :label "xRShcb"
1754    :value "1.0d0"
1755    :model-name "xRShcb")
1756   ("xshc.n"
1757    :label "xShc"
1758    :value "1.0d0"
1759    :model-name "xShc")
1760   ("xshcb.n"
1761    :label "xShcb"
1762    :value "1.0d0"
1763    :model-name "xShcb"))
1764  :terminals
1765  (("t_grb2_irs_0"
1766    :is-eq-to "fa_grb2_irs_0.out"
1767    :geometry-side "BOTTOM"
1768    :geometry-position "0.92495686")
1769   ("t_grb2_irs_sos"
1770    :is-eq-to "fa_grb2_irs_sos.out"
1771    :geometry-side "BOTTOM"
1772    :geometry-position "0.92495686")
1773   ("t_grb2_irs_x"
1774    :is-eq-to "fa_grb2_irs_x.out"
1775    :geometry-side "BOTTOM"
1776    :geometry-position "0.07504313")
1777   ("t_grb2_shc_0"
1778    :is-eq-to "fa_grb2_shc_0.out"
1779    :geometry-side "RIGHT"
1780    :geometry-position "0.5184492")
1781   ("t_grb2_shc_sos"
1782    :is-eq-to "fa_grb2_shc_sos.out"
1783    :geometry-side "BOTTOM"
1784    :geometry-position "0.92495686")
1785   ("t_grb2_shc_x"
1786    :is-eq-to "fa_grb2_shc_x.out"
1787    :geometry-side "RIGHT"
1788    :geometry-position "0.7114973")
1789   ("t_ins"
1790    :is-eq-to "fa_ins.out"
1791    :geometry-side "BOTTOM"
1792    :geometry-position "0.92495686")
1793   ("t_irsxpgrb2"
1794    :is-eq-to "fa_irsxpgrb2.out"
1795    :geometry-side "BOTTOM"
1796    :geometry-position "0.92495686")
1797   ("t_irs_0_p"
1798    :is-eq-to "fa_irs_0_p.out"
1799    :geometry-side "BOTTOM"
1800    :geometry-position "0.6983899")
1801   ("t_irs_r_0"
1802    :is-eq-to "fa_irs_r_0.out"
1803    :geometry-side "BOTTOM"
1804    :geometry-position "0.07504313")
1805   ("t_irs_r_p"
1806    :is-eq-to "fa_irs_r_p.out"
1807    :geometry-side "RIGHT"
1808    :geometry-position "0.9248663")
1809   ("t_irs_r_x"
1810    :is-eq-to "fa_irs_r_x.out"
1811    :geometry-side "BOTTOM"
1812    :geometry-position "0.92495686")
1813   ("t_irs_x_p"
1814    :is-eq-to "fa_irs_x_p.out"
1815    :geometry-side "RIGHT"
1816    :geometry-position "0.9248663")
1817   ("t_rxpirs"
1818    :is-eq-to "fa_rxpirs.out"
1819    :geometry-side "RIGHT"
1820    :geometry-position "0.9248663")
1821   ("t_rxpshc"
1822    :is-eq-to "fa_rxpshc.out"
1823    :geometry-side "BOTTOM"
1824    :geometry-position "0.92495686")
1825   ("t_r_0_0_p"
1826    :is-eq-to "fa_r_0_0_p.out"
1827    :geometry-side "RIGHT"
1828    :geometry-position "0.9248663")
1829   ("t_r_0_p_0"
1830    :is-eq-to "fa_r_0_p_0.out"
1831    :geometry-side "RIGHT"
1832    :geometry-position "0.9248663")
1833   ("t_r_0_p_p"
1834    :is-eq-to "fa_r_0_p_p.out"
1835    :geometry-side "RIGHT"
1836    :geometry-position "0.9248663")
1837   ("t_r_i_0_p"
1838    :is-eq-to "fa_r_i_0_p.out"
1839    :geometry-side "BOTTOM"
1840    :geometry-position "0.92495686")
1841   ("t_r_i_p_0"
1842    :is-eq-to "fa_r_i_p_0.out"
1843    :geometry-side "RIGHT"
1844    :geometry-position "0.77834225")
1845   ("t_r_i_p_p"
1846    :is-eq-to "fa_r_i_p_p.out"
1847    :geometry-side "RIGHT"
1848    :geometry-position "0.9248663")
1849   ("t_r_x_p_x"
1850    :is-eq-to "fa_r_x_p_x.out"
1851    :geometry-side "LEFT"
1852    :geometry-position "0.31524065")
1853   ("t_r_x_x_p"
1854    :is-eq-to "fa_r_x_x_p.out"
1855    :geometry-side "BOTTOM"
1856    :geometry-position "0.92495686")
1857   ("t_shcxp"
1858    :is-eq-to "fa_shcxp.out"
1859    :geometry-side "RIGHT"
1860    :geometry-position "0.44839573")
1861   ("t_shc_0_p"
1862    :is-eq-to "fa_shc_0_p.out"
1863    :geometry-side "RIGHT"
1864    :geometry-position "0.9248663")
1865   ("t_shc_r_0"
1866    :is-eq-to "fa_shc_r_0.out"
1867    :geometry-side "BOTTOM"
1868    :geometry-position "0.92495686")
1869   ("t_shc_r_p"
1870    :is-eq-to "fa_shc_r_p.out"
1871    :geometry-side "BOTTOM"
1872    :geometry-position "0.92495686")
1873   ("t_shc_r_x"
1874    :is-eq-to "fa_shc_r_x.out"
1875    :geometry-side "BOTTOM"
1876    :geometry-position "0.92495686")
1877   ("t_shc_x_p"
1878    :is-eq-to "fa_shc_x_p.out"
1879    :geometry-side "BOTTOM"
1880    :geometry-position "0.92495686")
1881   ("t_xirsgrb2"
1882    :is-eq-to "fa_xirsgrb2.out"
1883    :geometry-side "BOTTOM"
1884    :geometry-position "0.4850489")
1885   ("t_xirsgrb2b"
1886    :is-eq-to "fa_xirsgrb2b.out"
1887    :geometry-side "BOTTOM"
1888    :geometry-position "0.92495686")
1889   ("t_xrirs"
1890    :is-eq-to "fa_xrirs.out"
1891    :geometry-side "BOTTOM"
1892    :geometry-position "0.6949396")
1893   ("t_xrirsb"
1894    :is-eq-to "fa_xrirsb.out"
1895    :geometry-side "RIGHT"
1896    :geometry-position "0.6548128")
1897   ("t_xrshc"
1898    :is-eq-to "fa_xrshc.out"
1899    :geometry-side "BOTTOM"
1900    :geometry-position "0.92495686")
1901   ("t_xrshcb"
1902    :is-eq-to "fa_xrshcb.out"
1903    :geometry-side "BOTTOM"
1904    :geometry-position "0.92495686")
1905   ("t_xshc"
1906    :is-eq-to "fa_xshc.out"
1907    :geometry-side "RIGHT"
1908    :geometry-position "0.9248663")
1909   ("t_xshcb"
1910    :is-eq-to "fa_xshcb.out"
1911    :geometry-side "BOTTOM"
1912    :geometry-position "0.5414031"))
1913  :modules
1914  (("ca_xirsgrb2"
1915    :is-a "cf2co"
1916    :geometry-x "353"
1917    :geometry-y "994")
1918   ("ca_xirsgrb2b"
1919    :is-a "cf2co"
1920    :geometry-x "489"
1921    :geometry-y "951")
1922   ("ca_xrirs"
1923    :is-a "cf2co"
1924    :geometry-x "634"
1925    :geometry-y "734")
1926   ("ca_xrirsb"
1927    :is-a "cf2co"
1928    :geometry-x "1111"
1929    :geometry-y "676")
1930   ("ca_xrshc"
1931    :is-a "cf2co"
1932    :geometry-x "1263"
1933    :geometry-y "1002")
1934   ("ca_xrshcb"
1935    :is-a "cf2co"
1936    :geometry-x "1268"
1937    :geometry-y "843")
1938   ("ca_xshc"
1939    :is-a "cf2co"
1940    :geometry-x "927"
1941    :geometry-y "1548")
1942   ("ca_xshcb"
1943    :is-a "cf2co"
1944    :geometry-x "685"
1945    :geometry-y "1221")
1946   ("fa_grb2_irs_0"
1947    :is-a "adapter-flux"
1948    :geometry-x "1158"
1949    :geometry-y "364")
1950   ("fa_grb2_irs_sos"
1951    :is-a "adapter-flux"
1952    :geometry-x "1132"
1953    :geometry-y "214")
1954   ("fa_grb2_irs_x"
1955    :is-a "adapter-flux"
1956    :geometry-x "80"
1957    :geometry-y "803")
1958   ("fa_grb2_shc_0"
1959    :is-a "adapter-flux"
1960    :geometry-x "867"
1961    :geometry-y "513")
1962   ("fa_grb2_shc_sos"
1963    :is-a "adapter-flux"
1964    :geometry-x "490"
1965    :geometry-y "367")
1966   ("fa_grb2_shc_x"
1967    :is-a "adapter-flux"
1968    :geometry-x "1547"
1969    :geometry-y "581")
1970   ("fa_ins"
1971    :is-a "adapter-flux"
1972    :geometry-x "1126"
1973    :geometry-y "837")
1974   ("fa_irsxpgrb2"
1975    :is-a "adapter-flux"
1976    :geometry-x "902"
1977    :geometry-y "78")
1978   ("fa_irs_0_p"
1979    :is-a "adapter-flux"
1980    :geometry-x "353"
1981    :geometry-y "1495")
1982   ("fa_irs_r_0"
1983    :is-a "adapter-flux"
1984    :geometry-x "203"
1985    :geometry-y "1184")
1986   ("fa_irs_r_p"
1987    :is-a "adapter-flux"
1988    :geometry-x "539"
1989    :geometry-y "1524")
1990   ("fa_irs_r_x"
1991    :is-a "adapter-flux"
1992    :geometry-x "405"
1993    :geometry-y "156")
1994   ("fa_irs_x_p"
1995    :is-a "adapter-flux"
1996    :geometry-x "1159"
1997    :geometry-y "1753")
1998   ("fa_rxpirs"
1999    :is-a "adapter-flux"
2000    :geometry-x "603"
2001    :geometry-y "1409")
2002   ("fa_rxpshc"
2003    :is-a "adapter-flux"
2004    :geometry-x "1289"
2005    :geometry-y "1465")
2006   ("fa_r_0_0_p"
2007    :is-a "adapter-flux"
2008    :geometry-x "909"
2009    :geometry-y "1183")
2010   ("fa_r_0_p_0"
2011    :is-a "adapter-flux"
2012    :geometry-x "632"
2013    :geometry-y "851")
2014   ("fa_r_0_p_p"
2015    :is-a "adapter-flux"
2016    :geometry-x "680"
2017    :geometry-y "1009")
2018   ("fa_r_i_0_p"
2019    :is-a "adapter-flux"
2020    :geometry-x "1269"
2021    :geometry-y "949")
2022   ("fa_r_i_p_0"
2023    :is-a "adapter-flux"
2024    :geometry-x "1027"
2025    :geometry-y "645")
2026   ("fa_r_i_p_p"
2027    :is-a "adapter-flux"
2028    :geometry-x "805"
2029    :geometry-y "1158")
2030   ("fa_r_x_p_x"
2031    :is-a "adapter-flux"
2032    :geometry-x "156"
2033    :geometry-y "504")
2034   ("fa_r_x_x_p"
2035    :is-a "adapter-flux"
2036    :geometry-x "1523"
2037    :geometry-y "1484")
2038   ("fa_shcxp"
2039    :is-a "adapter-flux"
2040    :geometry-x "473"
2041    :geometry-y "483")
2042   ("fa_shc_0_p"
2043    :is-a "adapter-flux"
2044    :geometry-x "872"
2045    :geometry-y "1503")
2046   ("fa_shc_r_0"
2047    :is-a "adapter-flux"
2048    :geometry-x "1284"
2049    :geometry-y "1252")
2050   ("fa_shc_r_p"
2051    :is-a "adapter-flux"
2052    :geometry-x "1343"
2053    :geometry-y "1339")
2054   ("fa_shc_r_x"
2055    :is-a "adapter-flux"
2056    :geometry-x "1427"
2057    :geometry-y "354")
2058   ("fa_shc_x_p"
2059    :is-a "adapter-flux"
2060    :geometry-x "1629"
2061    :geometry-y "969")
2062   ("fa_xirsgrb2"
2063    :is-a "adapter-flux"
2064    :geometry-x "299"
2065    :geometry-y "836")
2066   ("fa_xirsgrb2b"
2067    :is-a "adapter-flux"
2068    :geometry-x "551"
2069    :geometry-y "734")
2070   ("fa_xrirs"
2071    :is-a "adapter-flux"
2072    :geometry-x "386"
2073    :geometry-y "658")
2074   ("fa_xrirsb"
2075    :is-a "adapter-flux"
2076    :geometry-x "1305"
2077    :geometry-y "592")
2078   ("fa_xrshc"
2079    :is-a "adapter-flux"
2080    :geometry-x "1461"
2081    :geometry-y "1045")
2082   ("fa_xrshcb"
2083    :is-a "adapter-flux"
2084    :geometry-x "1467"
2085    :geometry-y "801")
2086   ("fa_xshc"
2087    :is-a "adapter-flux"
2088    :geometry-x "867"
2089    :geometry-y "1716")
2090   ("fa_xshcb"
2091    :is-a "adapter-flux"
2092    :geometry-x "369"
2093    :geometry-y "1052")
2094   ("grb2_0_0"
2095    :is-a "speciesv"
2096    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS" :resources
2097                      ("urn:miriam:uniprot:P62994")))
2098    :geometry-x "731"
2099    :geometry-y "343")
2100   ("grb2_0_sos"
2101    :is-a "speciesv"
2102    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
2103                      ("urn:miriam:uniprot:Q9Z1I1"
2104                       "urn:miriam:uniprot:P62994")))
2105    :geometry-x "698"
2106    :geometry-y "216")
2107   ("grb2_irs_0"
2108    :is-a "speciesv"
2109    :geometry-x "1107"
2110    :geometry-y "392")
2111   ("grb2_irs_sos"
2112    :is-a "speciesv"
2113    :geometry-x "1075"
2114    :geometry-y "185")
2115   ("grb2_irs_x"
2116    :is-a "speciesb"
2117    :geometry-x "77"
2118    :geometry-y "864")
2119   ("grb2_shc_0"
2120    :is-a "speciesv"
2121    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
2122                      ("urn:miriam:uniprot:P62994"
2123                       "urn:miriam:uniprot:Q5M824")))
2124    :geometry-x "769"
2125    :geometry-y "559")
2126   ("grb2_shc_sos"
2127    :is-a "speciesv"
2128    :rdf-annotation ((:name "BQB_HAS_PART" :resources
2129                      ("urn:miriam:uniprot:Q9Z1I1"
2130                       "urn:miriam:uniprot:P62994"
2131                       "urn:miriam:uniprot:Q5M824")))
2132    :geometry-x "557"
2133    :geometry-y "355")
2134   ("grb2_shc_x"
2135    :is-a "speciesb"
2136    :geometry-x "1520"
2137    :geometry-y "550")
2138   ("ins"
2139    :is-a "speciesb"
2140    :geometry-x "938"
2141    :geometry-y "1011")
2142   ("irsxpgrb2"
2143    :is-a "speciesb"
2144    :geometry-x "868"
2145    :geometry-y "124")
2146   ("irs_0_0"
2147    :is-a "speciesv"
2148    :geometry-x "283"
2149    :geometry-y "1322")
2150   ("irs_0_p"
2151    :is-a "speciesv"
2152    :geometry-x "332"
2153    :geometry-y "1443")
2154   ("irs_r_0"
2155    :is-a "speciesv"
2156    :geometry-x "257"
2157    :geometry-y "1226")
2158   ("irs_r_p"
2159    :is-a "speciesv"
2160    :geometry-x "573"
2161    :geometry-y "1477")
2162   ("irs_r_x"
2163    :is-a "speciesb"
2164    :geometry-x "365"
2165    :geometry-y "192")
2166   ("irs_x_p"
2167    :is-a "speciesb"
2168    :geometry-x "1116"
2169    :geometry-y "1787")
2170   ("reaction_0"
2171    :is-a "kin-2-1_0"
2172    :geometry-x "947"
2173    :geometry-y "858")
2174   ("reaction_1"
2175    :is-a "kin-2-1_0"
2176    :geometry-x "1026"
2177    :geometry-y "1029")
2178   ("reaction_10"
2179    :is-a "kin-1-1_2"
2180    :geometry-x "993"
2181    :geometry-y "842")
2182   ("reaction_11"
2183    :is-a "kin-1-1_2"
2184    :geometry-x "888"
2185    :geometry-y "857")
2186   ("reaction_12"
2187    :is-a "kin-2-1_0"
2188    :geometry-x "398"
2189    :geometry-y "1308")
2190   ("reaction_13"
2191    :is-a "kin-2-1_0"
2192    :geometry-x "458"
2193    :geometry-y "1416")
2194   ("reaction_14"
2195    :is-a "kin-1-1_2"
2196    :geometry-x "396"
2197    :geometry-y "1240")
2198   ("reaction_15"
2199    :is-a "kin-1-1_2"
2200    :geometry-x "441"
2201    :geometry-y "1234")
2202   ("reaction_16"
2203    :is-a "kin-2-1_0"
2204    :geometry-x "1131"
2205    :geometry-y "1380")
2206   ("reaction_17"
2207    :is-a "kin-2-1_0"
2208    :geometry-x "1126"
2209    :geometry-y "1457")
2210   ("reaction_18"
2211    :is-a "kin-1-1_2"
2212    :geometry-x "948"
2213    :geometry-y "1420")
2214   ("reaction_19"
2215    :is-a "kin-1-1_2"
2216    :geometry-x "1069"
2217    :geometry-y "1379")
2218   ("reaction_2"
2219    :is-a "kin-2-1_0"
2220    :geometry-x "865"
2221    :geometry-y "807")
2222   ("reaction_20"
2223    :is-a "kin-2-1_0"
2224    :geometry-x "913"
2225    :geometry-y "299")
2226   ("reaction_21"
2227    :is-a "kin-2-1_0"
2228    :geometry-x "890"
2229    :geometry-y "234")
2230   ("reaction_22"
2231    :is-a "kin-2-1_0"
2232    :geometry-x "802"
2233    :geometry-y "326")
2234   ("reaction_23"
2235    :is-a "kin-2-1_0"
2236    :geometry-x "987"
2237    :geometry-y "332")
2238   ("reaction_24"
2239    :is-a "kin-2-1_0"
2240    :geometry-x "748"
2241    :geometry-y "435")
2242   ("reaction_25"
2243    :is-a "kin-2-1_0"
2244    :geometry-x "693"
2245    :geometry-y "458")
2246   ("reaction_26"
2247    :is-a "kin-2-1_0"
2248    :geometry-x "639"
2249    :geometry-y "361")
2250   ("reaction_3"
2251    :is-a "kin-2-1_0"
2252    :geometry-x "854"
2253    :geometry-y "1007")
2254   ("reaction_4"
2255    :is-a "kin-1-1_2"
2256    :geometry-x "975"
2257    :geometry-y "913")
2258   ("reaction_5"
2259    :is-a "kin-1-1_2"
2260    :geometry-x "984"
2261    :geometry-y "1004")
2262   ("reaction_6"
2263    :is-a "kin-1-1_2"
2264    :geometry-x "1061"
2265    :geometry-y "861")
2266   ("reaction_7"
2267    :is-a "kin-1-1_2"
2268    :geometry-x "1072"
2269    :geometry-y "1007")
2270   ("reaction_8"
2271    :is-a "kin-1-1_2"
2272    :geometry-x "876"
2273    :geometry-y "927")
2274   ("reaction_9"
2275    :is-a "kin-1-1_2"
2276    :geometry-x "796"
2277    :geometry-y "889")
2278   ("rxpirs"
2279    :is-a "speciesb"
2280    :geometry-x "536"
2281    :geometry-y "1322")
2282   ("rxpshc"
2283    :is-a "speciesb"
2284    :geometry-x "1231"
2285    :geometry-y "1527")
2286   ("r_0_0_0"
2287    :is-a "speciesv"
2288    :geometry-x "824"
2289    :geometry-y "940")
2290   ("r_0_0_p"
2291    :is-a "speciesv"
2292    :geometry-x "991"
2293    :geometry-y "1155")
2294   ("r_0_p_0"
2295    :is-a "speciesv"
2296    :geometry-x "693"
2297    :geometry-y "836")
2298   ("r_0_p_p"
2299    :is-a "speciesv"
2300    :geometry-x "731"
2301    :geometry-y "1033")
2302   ("r_i_0_0"
2303    :is-a "speciesv"
2304    :geometry-x "1112"
2305    :geometry-y "751")
2306   ("r_i_0_p"
2307    :is-a "speciesv"
2308    :geometry-x "1204"
2309    :geometry-y "1032")
2310   ("r_i_p_0"
2311    :is-a "speciesv"
2312    :geometry-x "963"
2313    :geometry-y "678")
2314   ("r_i_p_p"
2315    :is-a "speciesv"
2316    :geometry-x "843"
2317    :geometry-y "1119")
2318   ("r_x_p_x"
2319    :is-a "speciesb"
2320    :geometry-x "127"
2321    :geometry-y "556")
2322   ("r_x_x_p"
2323    :is-a "speciesb"
2324    :geometry-x "1511"
2325    :geometry-y "1546")
2326   ("shcxp"
2327    :is-a "speciesb"
2328    :geometry-x "540"
2329    :geometry-y "504")
2330   ("shc_0_0"
2331    :is-a "speciesv"
2332    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS_VERSION_OF" :resources
2333                      ("urn:miriam:uniprot:Q5M824")))
2334    :geometry-x "999"
2335    :geometry-y "1329")
2336   ("shc_0_p"
2337    :is-a "speciesv"
2338    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS_VERSION_OF" :resources
2339                      ("urn:miriam:uniprot:Q5M824")))
2340    :geometry-x "1010"
2341    :geometry-y "1560")
2342   ("shc_r_0"
2343    :is-a "speciesv"
2344    :geometry-x "1213"
2345    :geometry-y "1257")
2346   ("shc_r_p"
2347    :is-a "speciesv"
2348    :geometry-x "1286"
2349    :geometry-y "1368")
2350   ("shc_r_x"
2351    :is-a "speciesb"
2352    :geometry-x "1384"
2353    :geometry-y "358")
2354   ("shc_x_p"
2355    :is-a "speciesb"
2356    :geometry-x "1639"
2357    :geometry-y "923")
2358   ("sos"
2359    :is-a "speciesv"
2360    :rdf-annotation ((:name "BQB_IS" :resources
2361                      ("urn:miriam:uniprot:Q9Z1I1")))
2362    :geometry-x "926"
2363    :geometry-y "418")
2364   ("xirsgrb2"
2365    :is-a "speciesb"
2366    :geometry-x "261"
2367    :geometry-y "904")
2368   ("xirsgrb2b"
2369    :is-a "speciesb"
2370    :geometry-x "475"
2371    :geometry-y "787")
2372   ("xrirs"
2373    :is-a "speciesb"
2374    :geometry-x "432"
2375    :geometry-y "685")
2376   ("xrirsb"
2377    :is-a "speciesb"
2378    :geometry-x "1266"
2379    :geometry-y "567")
2380   ("xrshc"
2381    :is-a "speciesb"
2382    :geometry-x "1431"
2383    :geometry-y "1097")
2384   ("xrshcb"
2385    :is-a "speciesb"
2386    :geometry-x "1431"
2387    :geometry-y "762")
2388   ("xshc"
2389    :is-a "speciesb"
2390    :geometry-x "836"
2391    :geometry-y "1678")
2392   ("xshcb"
2393    :is-a "speciesb"
2394    :geometry-x "480"
2395    :geometry-y "1049"))
2396  :links
2397  (("cl_xirsgrb2"
2398    :nodes (("396" "1140"))
2399    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2400   ("cl_xirsgrb2b"
2401    :nodes (("462" "1142"))
2402    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2403   ("cl_xrirs"
2404    :nodes (("815" "824"))
2405    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2406            ("4" "-1" nil)))
2407   ("cl_xrirsb"
2408    :nodes (("930" "810"))
2409    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2410            ("4" "-1" nil)))
2411   ("cl_xrshc"
2412    :nodes (("1072" "944"))
2413    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2414            ("4" "-1" nil)))
2415   ("cl_xrshcb"
2416    :nodes (("1094" "914"))
2417    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2418            ("4" "-1" nil)))
2419   ("cl_xshc"
2420    :nodes (("985" "1447"))
2421    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2422   ("cl_xshcb"
2423    :nodes (("899" "1342"))
2424    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2425   ("fl_grb2_0_0"
2426    :nodes (("774" "375"))
2427    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2428   ("fl_grb2_0_sos"
2429    :nodes (("741" "283"))
2430    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2431   ("fl_grb2_irs_0"
2432    :nodes (("1043" "358"))
2433    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2434   ("fl_grb2_irs_sos"
2435    :nodes (("1025" "249"))
2436    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2437   ("fl_grb2_irs_x")
2438   ("fl_grb2_shc_0"
2439    :nodes (("771" "504"))
2440    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2441   ("fl_grb2_shc_sos"
2442    :nodes (("601" "395"))
2443    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2444   ("fl_grb2_shc_x")
2445   ("fl_ins"
2446    :nodes (("941" "944"))
2447    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2448            ("4" "-1" nil) ("5" "-1" nil)))
2449   ("fl_irsxpgrb2"
2450    :nodes (("886" "183"))
2451    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2452   ("fl_irs_0_0"
2453    :nodes (("337" "1290"))
2454    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2455   ("fl_irs_0_p"
2456    :nodes (("379" "1408"))
2457    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2458   ("fl_irs_r_0"
2459    :nodes (("317" "1232"))
2460    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2461   ("fl_irs_r_p"
2462    :nodes (("523" "1419"))
2463    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2464   ("fl_irs_r_x")
2465   ("fl_irs_x_p")
2466   ("fl_rxpirs"
2467    :nodes (("492" "1369"))
2468    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2469   ("fl_rxpshc"
2470    :nodes (("1187" "1461"))
2471    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2472   ("fl_r_0_0_0"
2473    :nodes (("877" "893"))
2474    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2475   ("fl_r_0_0_p"
2476    :nodes (("948" "1080"))
2477    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2478            ("4" "-1" nil)))
2479   ("fl_r_0_p_0"
2480    :nodes (("757" "848"))
2481    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2482            ("4" "-1" nil)))
2483   ("fl_r_0_p_p"
2484    :nodes (("781" "994"))
2485    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2486            ("4" "-1" nil)))
2487   ("fl_r_i_0_0"
2488    :nodes (("1030" "807"))
2489    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2490   ("fl_r_i_0_p"
2491    :nodes (("1127" "983"))
2492    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2493            ("4" "-1" nil)))
2494   ("fl_r_i_p_0"
2495    :nodes (("959" "756"))
2496    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2497            ("4" "-1" nil)))
2498   ("fl_r_i_p_p"
2499    :nodes (("884" "1058"))
2500    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)
2501            ("4" "-1" nil)))
2502   ("fl_r_x_p_x")
2503   ("fl_r_x_x_p")
2504   ("fl_shcxp"
2505    :nodes (("574" "461"))
2506    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2507   ("fl_shc_0_0"
2508    :nodes (("1010" "1382"))
2509    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2510   ("fl_shc_0_p"
2511    :nodes (("976" "1495"))
2512    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2513   ("fl_shc_r_0"
2514    :nodes (("1168" "1312"))
2515    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2516   ("fl_shc_r_p"
2517    :nodes (("1210" "1385"))
2518    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2519   ("fl_shc_r_x")
2520   ("fl_shc_x_p")
2521   ("fl_sos"
2522    :nodes (("854" "392"))
2523    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil) ("3" "-1" nil)))
2524   ("fl_xirsgrb2"
2525    :nodes (("308" "921"))
2526    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2527   ("fl_xirsgrb2b"
2528    :nodes (("503" "832"))
2529    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2530   ("fl_xrirs"
2531    :nodes (("478" "698"))
2532    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2533   ("fl_xrirsb"
2534    :nodes (("1220" "625"))
2535    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2536   ("fl_xrshc"
2537    :nodes (("1372" "1053"))
2538    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2539   ("fl_xrshcb"
2540    :nodes (("1378" "815"))
2541    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2542   ("fl_xshc"
2543    :nodes (("880" "1651"))
2544    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))
2545   ("fl_xshcb"
2546    :nodes (("501" "1107"))
2547    :edges (("0" "-1" nil) ("1" "-1" nil) ("2" "-1" nil)))))
2548
2549
2550(define-module
2551  :class "insulin_reduced2_xml-rules"
2552  :super-classes ("sbml-rules")
2553  :geometry-width "3375"
2554  :geometry-height "200"
2555  :parameters
2556  (("grb2_irs_x"
2557    :relation "0.0d0 == t_grb2_irs_x.c-t_grb2_irs_0.c-t_grb2_irs_sos.c")
2558   ("grb2_shc_x"
2559    :relation "0.0d0 == t_grb2_shc_x.c-t_grb2_shc_0.c-t_grb2_shc_sos.c")
2560   ("ins"
2561    :relation "0.0d0 == t_ins.c-100")
2562   ("irsxpgrb2"
2563    :relation "0.0d0 == t_irsxpgrb2.c-t_xirsgrb2.c+t_xirsgrb2b.c")
2564   ("irs_r_x"
2565    :relation "0.0d0 == t_irs_r_x.c-t_irs_r_0.c-t_irs_r_p.c")
2566   ("irs_x_p"
2567    :relation "0.0d0 == t_irs_x_p.c-t_irs_0_p.c-t_irs_r_p.c")
2568   ("rxpirs"
2569    :relation "0.0d0 == t_rxpirs.c-t_xrirs.c+t_xrirsb.c")
2570   ("rxpshc"
2571    :relation "0.0d0 == t_rxpshc.c-t_xrshc.c+t_xrshcb.c")
2572   ("r_x_p_x"
2573    :relation "0.0d0 == t_r_x_p_x.c-t_r_0_p_0.c-t_r_0_p_p.c-t_r_i_p_0.c-t_r_i_p_p.c")
2574   ("r_x_x_p"
2575    :relation "0.0d0 == t_r_x_x_p.c-t_r_0_0_p.c-t_r_0_p_p.c-t_r_i_0_p.c-t_r_i_p_p.c")
2576   ("shcxp"
2577    :relation "0.0d0 == t_shcxp.c-t_xshc.c+t_xshcb.c")
2578   ("shc_r_x"
2579    :relation "0.0d0 == t_shc_r_x.c-t_shc_r_0.c-t_shc_r_p.c")
2580   ("shc_x_p"
2581    :relation "0.0d0 == t_shc_x_p.c-t_shc_0_p.c-t_shc_r_p.c")
2582   ("xirsgrb2"
2583    :relation "0.0d0 == t_xirsgrb2.c-t_irs_x_p.c")
2584   ("xirsgrb2b"
2585    :relation "0.0d0 == t_xirsgrb2b.c-t_grb2_irs_x.c")
2586   ("xrirs"
2587    :relation "0.0d0 == t_xrirs.c-2*t_r_x_x_p.c")
2588   ("xrirsb"
2589    :relation "0.0d0 == t_xrirsb.c-t_irs_r_x.c")
2590   ("xrshc"
2591    :relation "0.0d0 == t_xrshc.c-2*t_r_x_p_x.c")
2592   ("xrshcb"
2593    :relation "0.0d0 == t_xrshcb.c-t_shc_r_x.c")
2594   ("xshc"
2595    :relation "0.0d0 == t_xshc.c-t_shc_x_p.c")
2596   ("xshcb"
2597    :relation "0.0d0 == t_xshcb.c-t_grb2_shc_x.c"))
2598  :terminals
2599  (("t_grb2_irs_0"
2600    :is-a "tsig"
2601    :geometry-side "top"
2602    :geometry-position "0.05263158")
2603   ("t_grb2_irs_sos"
2604    :is-a "tsig"
2605    :geometry-side "top"
2606    :geometry-position "0.078947365")
2607   ("t_grb2_irs_x"
2608    :is-a "tsig"
2609    :geometry-side "top"
2610    :geometry-position "0.10526316")
2611   ("t_grb2_shc_0"
2612    :is-a "tsig"
2613    :geometry-side "top"
2614    :geometry-position "0.13157895")
2615   ("t_grb2_shc_sos"
2616    :is-a "tsig"
2617    :geometry-side "top"
2618    :geometry-position "0.15789473")
2619   ("t_grb2_shc_x"
2620    :is-a "tsig"
2621    :geometry-side "top"
2622    :geometry-position "0.18421052")
2623   ("t_ins"
2624    :is-a "tsig"
2625    :geometry-side "top"
2626    :geometry-position "0.02631579")
2627   ("t_irsxpgrb2"
2628    :is-a "tsig"
2629    :geometry-side "top"
2630    :geometry-position "0.92105263")
2631   ("t_irs_0_p"
2632    :is-a "tsig"
2633    :geometry-side "top"
2634    :geometry-position "0.28947368")
2635   ("t_irs_r_0"
2636    :is-a "tsig"
2637    :geometry-side "top"
2638    :geometry-position "0.21052632")
2639   ("t_irs_r_p"
2640    :is-a "tsig"
2641    :geometry-side "top"
2642    :geometry-position "0.23684211")
2643   ("t_irs_r_x"
2644    :is-a "tsig"
2645    :geometry-side "top"
2646    :geometry-position "0.2631579")
2647   ("t_irs_x_p"
2648    :is-a "tsig"
2649    :geometry-side "top"
2650    :geometry-position "0.31578946")
2651   ("t_rxpirs"
2652    :is-a "tsig"
2653    :geometry-side "top"
2654    :geometry-position "0.7631579")
2655   ("t_rxpshc"
2656    :is-a "tsig"
2657    :geometry-side "top"
2658    :geometry-position "0.84210527")
2659   ("t_r_0_0_p"
2660    :is-a "tsig"
2661    :geometry-side "top"
2662    :geometry-position "0.47368422")
2663   ("t_r_0_p_0"
2664    :is-a "tsig"
2665    :geometry-side "top"
2666    :geometry-position "0.34210527")
2667   ("t_r_0_p_p"
2668    :is-a "tsig"
2669    :geometry-side "top"
2670    :geometry-position "0.36842105")
2671   ("t_r_i_0_p"
2672    :is-a "tsig"
2673    :geometry-side "top"
2674    :geometry-position "0.5")
2675   ("t_r_i_p_0"
2676    :is-a "tsig"
2677    :geometry-side "top"
2678    :geometry-position "0.39473686")
2679   ("t_r_i_p_p"
2680    :is-a "tsig"
2681    :geometry-side "top"
2682    :geometry-position "0.42105263")
2683   ("t_r_x_p_x"
2684    :is-a "tsig"
2685    :geometry-side "top"
2686    :geometry-position "0.4473684")
2687   ("t_r_x_x_p"
2688    :is-a "tsig"
2689    :geometry-side "top"
2690    :geometry-position "0.5263158")
2691   ("t_shcxp"
2692    :is-a "tsig"
2693    :geometry-side "top"
2694    :geometry-position "0.9736842")
2695   ("t_shc_0_p"
2696    :is-a "tsig"
2697    :geometry-side "top"
2698    :geometry-position "0.6315789")
2699   ("t_shc_r_0"
2700    :is-a "tsig"
2701    :geometry-side "top"
2702    :geometry-position "0.55263156")
2703   ("t_shc_r_p"
2704    :is-a "tsig"
2705    :geometry-side "top"
2706    :geometry-position "0.57894737")
2707   ("t_shc_r_x"
2708    :is-a "tsig"
2709    :geometry-side "top"
2710    :geometry-position "0.6052632")
2711   ("t_shc_x_p"
2712    :is-a "tsig"
2713    :geometry-side "top"
2714    :geometry-position "0.65789473")
2715   ("t_xirsgrb2"
2716    :is-a "tsig"
2717    :geometry-side "top"
2718    :geometry-position "0.7894737")
2719   ("t_xirsgrb2b"
2720    :is-a "tsig"
2721    :geometry-side "top"
2722    :geometry-position "0.8947368")
2723   ("t_xrirs"
2724    :is-a "tsig"
2725    :geometry-side "top"
2726    :geometry-position "0.68421054")
2727   ("t_xrirsb"
2728    :is-a "tsig"
2729    :geometry-side "top"
2730    :geometry-position "0.7368421")
2731   ("t_xrshc"
2732    :is-a "tsig"
2733    :geometry-side "top"
2734    :geometry-position "0.7105263")
2735   ("t_xrshcb"
2736    :is-a "tsig"
2737    :geometry-side "top"
2738    :geometry-position "0.81578946")
2739   ("t_xshc"
2740    :is-a "tsig"
2741    :geometry-side "top"
2742    :geometry-position "0.8684211")
2743   ("t_xshcb"
2744    :is-a "tsig"
2745    :geometry-side "top"
2746    :geometry-position "0.94736844"))
2747  :equations
2748  (("grb2_irs_x")
2749   ("grb2_shc_x")
2750   ("ins")
2751   ("irsxpgrb2")
2752   ("irs_r_x")
2753   ("irs_x_p")
2754   ("rxpirs")
2755   ("rxpshc")
2756   ("r_x_p_x")
2757   ("r_x_x_p")
2758   ("shcxp")
2759   ("shc_r_x")
2760   ("shc_x_p")
2761   ("xirsgrb2")
2762   ("xirsgrb2b")
2763   ("xrirs")
2764   ("xrirsb")
2765   ("xrshc")
2766   ("xrshcb")
2767   ("xshc")
2768   ("xshcb")))
2769
2770
2771(define-module
2772  :class "insulin_reduced2_xml"
2773  :super-classes ("sbml-model")
2774  :documentation "
2775                <body xmlns=\"http://www.w3.org/1999/xhtml\">
2776                        <p>This model was generated Mon May 10 16:18:40 2010</p>
2777                                <p>reaction_0:   R[0,0,0]+Ins{-}R[I,0,0]        ki1     ki1d</p>
2778                                <p>reaction_1:   R[0,0,P]+Ins{-}R[I,0,P]        ki1     ki1d</p>
2779                                <p>reaction_2:   R[0,P,0]+Ins{-}R[I,P,0]        ki1     ki1d</p>
2780                                <p>reaction_3:   R[0,P,P]+Ins{-}R[I,P,P]        ki1     ki1d</p>
2781                                <p>reaction_4:   R[0,0,0]{-}R[0,P,0]    kp10    kp10d</p>
2782                                <p>reaction_5:   R[0,0,P]{-}R[0,P,P]    kp10    kp10d</p>
2783                                <p>reaction_6:   R[I,0,0]{-}R[I,P,0]    kp11    kp11d</p>
2784                                <p>reaction_7:   R[I,0,P]{-}R[I,P,P]    kp11    kp11d</p>
2785                                <p>reaction_8:   R[0,0,0]{-}R[0,0,P]    kp20    kp20d</p>
2786                                <p>reaction_9:   R[0,P,0]{-}R[0,P,P]    kp20    kp20d</p>
2787                                <p>reaction_10:  R[I,0,0]{-}R[I,0,P]    kp21    kp21d</p>
2788                                <p>reaction_11:  R[I,P,0]{-}R[I,P,P]    kp21    kp21d</p>
2789                                <p>reaction_12:  RXpIrs+IRS[0,0]{-}IRS[R,0]     kbirs   kbirsd</p>
2790                                <p>reaction_13:  RXpIrs+IRS[0,P]{-}IRS[R,P]     kbirs   kbirsd</p>
2791                                <p>reaction_14:  IRS[0,0]{-}IRS[0,P]    kirsp6          kirsp6d</p>
2792                                <p>reaction_15:  IRS[R,0]{-}IRS[R,P]    kirsbp6         kirsbp6d</p>
2793                                <p>reaction_16:  RXpShc+Shc[0,0]{-}Shc[R,0]     kbshc   kbshcd</p>
2794                                <p>reaction_17:  RXpShc+Shc[0,P]{-}Shc[R,P]     kbshc   kbshcd</p>
2795                                <p>reaction_18:  Shc[0,0]{-}Shc[0,P]            kshcp   kshcpd</p>
2796                                <p>reaction_19:  Shc[R,0]{-}Shc[R,P]    kshcbp  kshcbpd</p>
2797                                <p>reaction_20:  IrsXpGrb2+Grb2[0,0]{-}Grb2[IRS,0]      kbirsgrb2       kbirsgrb2d</p>
2798                                <p>reaction_21:  IrsXpGrb2+Grb2[0,SOS]{-}Grb2[IRS,SOS]  kbirsgrb2sos    kbirsgrb2sosd</p>
2799                                <p>reaction_22:  Grb2[0,0]+SOS{-}Grb2[0,SOS]            kbsos   kbsosd</p>
2800                                <p>reaction_23:  Grb2[IRS,0]+SOS{-}Grb2[IRS,SOS]                kbsos   kbsosd</p>
2801                                <p>reaction_24:  Grb2[Shc,0]+SOS{-}Grb2[Shc,SOS]                kbsos   kbsosd</p>
2802                                <p>reaction_25:  ShcXp+Grb2[0,0]{-}Grb2[Shc,0]  kbshcgrb2       kbshcgrb2d</p>
2803                                <p>reaction_26:  ShcXp+Grb2[0,SOS]{-}Grb2[Shc,SOS]      kbshcgrb2sos    kbshcgrb2sosd</p>
2804                </body>
2805        "
2806  :geometry-width "801"
2807  :geometry-height "515"
2808  :parameters
2809  (("cl_grb2_irs_0"
2810    :terminals ("ca_grb2_irs_0.co" "rules.t_grb2_irs_0"))
2811   ("cl_grb2_irs_sos"
2812    :terminals ("ca_grb2_irs_sos.co" "rules.t_grb2_irs_sos"))
2813   ("cl_grb2_irs_x"
2814    :terminals ("ca_grb2_irs_x.co" "rules.t_grb2_irs_x"))
2815   ("cl_grb2_shc_0"
2816    :terminals ("ca_grb2_shc_0.co" "rules.t_grb2_shc_0"))
2817   ("cl_grb2_shc_sos"
2818    :terminals ("ca_grb2_shc_sos.co" "rules.t_grb2_shc_sos"))
2819   ("cl_grb2_shc_x"
2820    :terminals ("ca_grb2_shc_x.co" "rules.t_grb2_shc_x"))
2821   ("cl_ins"
2822    :terminals ("ca_ins.co" "rules.t_ins"))
2823   ("cl_irsxpgrb2"
2824    :terminals ("ca_irsxpgrb2.co" "rules.t_irsxpgrb2"))
2825   ("cl_irs_0_p"
2826    :terminals ("ca_irs_0_p.co" "rules.t_irs_0_p"))
2827   ("cl_irs_r_0"
2828    :terminals ("ca_irs_r_0.co" "rules.t_irs_r_0"))
2829   ("cl_irs_r_p"
2830    :terminals ("ca_irs_r_p.co" "rules.t_irs_r_p"))
2831   ("cl_irs_r_x"
2832    :terminals ("ca_irs_r_x.co" "rules.t_irs_r_x"))
2833   ("cl_irs_x_p"
2834    :terminals ("ca_irs_x_p.co" "rules.t_irs_x_p"))
2835   ("cl_rxpirs"
2836    :terminals ("ca_rxpirs.co" "rules.t_rxpirs"))
2837   ("cl_rxpshc"
2838    :terminals ("ca_rxpshc.co" "rules.t_rxpshc"))
2839   ("cl_r_0_0_p"
2840    :terminals ("ca_r_0_0_p.co" "rules.t_r_0_0_p"))
2841   ("cl_r_0_p_0"
2842    :terminals ("ca_r_0_p_0.co" "rules.t_r_0_p_0"))
2843   ("cl_r_0_p_p"
2844    :terminals ("ca_r_0_p_p.co" "rules.t_r_0_p_p"))
2845   ("cl_r_i_0_p"
2846    :terminals ("ca_r_i_0_p.co" "rules.t_r_i_0_p"))
2847   ("cl_r_i_p_0"
2848    :terminals ("ca_r_i_p_0.co" "rules.t_r_i_p_0"))
2849   ("cl_r_i_p_p"
2850    :terminals ("ca_r_i_p_p.co" "rules.t_r_i_p_p"))
2851   ("cl_r_x_p_x"
2852    :terminals ("ca_r_x_p_x.co" "rules.t_r_x_p_x"))
2853   ("cl_r_x_x_p"
2854    :terminals ("ca_r_x_x_p.co" "rules.t_r_x_x_p"))
2855   ("cl_shcxp"
2856    :terminals ("ca_shcxp.co" "rules.t_shcxp"))
2857   ("cl_shc_0_p"
2858    :terminals ("ca_shc_0_p.co" "rules.t_shc_0_p"))
2859   ("cl_shc_r_0"
2860    :terminals ("ca_shc_r_0.co" "rules.t_shc_r_0"))
2861   ("cl_shc_r_p"
2862    :terminals ("ca_shc_r_p.co" "rules.t_shc_r_p"))
2863   ("cl_shc_r_x"
2864    :terminals ("ca_shc_r_x.co" "rules.t_shc_r_x"))
2865   ("cl_shc_x_p"
2866    :terminals ("ca_shc_x_p.co" "rules.t_shc_x_p"))
2867   ("cl_xirsgrb2"
2868    :terminals ("ca_xirsgrb2.co" "rules.t_xirsgrb2"))
2869   ("cl_xirsgrb2b"
2870    :terminals ("ca_xirsgrb2b.co" "rules.t_xirsgrb2b"))
2871   ("cl_xrirs"
2872    :terminals ("ca_xrirs.co" "rules.t_xrirs"))
2873   ("cl_xrirsb"
2874    :terminals ("ca_xrirsb.co" "rules.t_xrirsb"))
2875   ("cl_xrshc"
2876    :terminals ("ca_xrshc.co" "rules.t_xrshc"))
2877   ("cl_xrshcb"
2878    :terminals ("ca_xrshcb.co" "rules.t_xrshcb"))
2879   ("cl_xshc"
2880    :terminals ("ca_xshc.co" "rules.t_xshc"))
2881   ("cl_xshcb"
2882    :terminals ("ca_xshcb.co" "rules.t_xshcb"))
2883   ("fl_grb2_irs_0"
2884    :terminals ("cell.t_grb2_irs_0" "ca_grb2_irs_0.cf"))
2885   ("fl_grb2_irs_sos"
2886    :terminals ("cell.t_grb2_irs_sos" "ca_grb2_irs_sos.cf"))
2887   ("fl_grb2_irs_x"
2888    :terminals ("cell.t_grb2_irs_x" "ca_grb2_irs_x.cf"))
2889   ("fl_grb2_shc_0"
2890    :terminals ("cell.t_grb2_shc_0" "ca_grb2_shc_0.cf"))
2891   ("fl_grb2_shc_sos"
2892    :terminals ("cell.t_grb2_shc_sos" "ca_grb2_shc_sos.cf"))
2893   ("fl_grb2_shc_x"
2894    :terminals ("cell.t_grb2_shc_x" "ca_grb2_shc_x.cf"))
2895   ("fl_ins"
2896    :terminals ("cell.t_ins" "ca_ins.cf"))
2897   ("fl_irsxpgrb2"
2898    :terminals ("cell.t_irsxpgrb2" "ca_irsxpgrb2.cf"))
2899   ("fl_irs_0_p"
2900    :terminals ("cell.t_irs_0_p" "ca_irs_0_p.cf"))
2901   ("fl_irs_r_0"
2902    :terminals ("cell.t_irs_r_0" "ca_irs_r_0.cf"))
2903   ("fl_irs_r_p"
2904    :terminals ("cell.t_irs_r_p" "ca_irs_r_p.cf"))
2905   ("fl_irs_r_x"
2906    :terminals ("cell.t_irs_r_x" "ca_irs_r_x.cf"))
2907   ("fl_irs_x_p"
2908    :terminals ("cell.t_irs_x_p" "ca_irs_x_p.cf"))
2909   ("fl_rxpirs"
2910    :terminals ("cell.t_rxpirs" "ca_rxpirs.cf"))
2911   ("fl_rxpshc"
2912    :terminals ("cell.t_rxpshc" "ca_rxpshc.cf"))
2913   ("fl_r_0_0_p"
2914    :terminals ("cell.t_r_0_0_p" "ca_r_0_0_p.cf"))
2915   ("fl_r_0_p_0"
2916    :terminals ("cell.t_r_0_p_0" "ca_r_0_p_0.cf"))
2917   ("fl_r_0_p_p"
2918    :terminals ("cell.t_r_0_p_p" "ca_r_0_p_p.cf"))
2919   ("fl_r_i_0_p"
2920    :terminals ("cell.t_r_i_0_p" "ca_r_i_0_p.cf"))
2921   ("fl_r_i_p_0"
2922    :terminals ("cell.t_r_i_p_0" "ca_r_i_p_0.cf"))
2923   ("fl_r_i_p_p"
2924    :terminals ("cell.t_r_i_p_p" "ca_r_i_p_p.cf"))
2925   ("fl_r_x_p_x"
2926    :terminals ("cell.t_r_x_p_x" "ca_r_x_p_x.cf"))
2927   ("fl_r_x_x_p"
2928    :terminals ("cell.t_r_x_x_p" "ca_r_x_x_p.cf"))
2929   ("fl_shcxp"
2930    :terminals ("cell.t_shcxp" "ca_shcxp.cf"))
2931   ("fl_shc_0_p"
2932    :terminals ("cell.t_shc_0_p" "ca_shc_0_p.cf"))
2933   ("fl_shc_r_0"
2934    :terminals ("cell.t_shc_r_0" "ca_shc_r_0.cf"))
2935   ("fl_shc_r_p"
2936    :terminals ("cell.t_shc_r_p" "ca_shc_r_p.cf"))
2937   ("fl_shc_r_x"
2938    :terminals ("cell.t_shc_r_x" "ca_shc_r_x.cf"))
2939   ("fl_shc_x_p"
2940    :terminals ("cell.t_shc_x_p" "ca_shc_x_p.cf"))
2941   ("fl_xirsgrb2"
2942    :terminals ("cell.t_xirsgrb2" "ca_xirsgrb2.cf"))
2943   ("fl_xirsgrb2b"
2944    :terminals ("cell.t_xirsgrb2b" "ca_xirsgrb2b.cf"))
2945   ("fl_xrirs"
2946    :terminals ("cell.t_xrirs" "ca_xrirs.cf"))
2947   ("fl_xrirsb"
2948    :terminals ("cell.t_xrirsb" "ca_xrirsb.cf"))
2949   ("fl_xrshc"
2950    :terminals ("cell.t_xrshc" "ca_xrshc.cf"))
2951   ("fl_xrshcb"
2952    :terminals ("cell.t_xrshcb" "ca_xrshcb.cf"))
2953   ("fl_xshc"
2954    :terminals ("cell.t_xshc" "ca_xshc.cf"))
2955   ("fl_xshcb"
2956    :terminals ("cell.t_xshcb" "ca_xshcb.cf"))
2957   ("kbirs"
2958    :label "kbirs"
2959    :system-theoretic "real-parameter"
2960    :value "1.0d0"
2961    :model-name "kbirs")
2962   ("kbirsd"
2963    :label "kbirsd"
2964    :system-theoretic "real-parameter"
2965    :value "1.0d0"
2966    :model-name "kbirsd")
2967   ("kbirsgrb2"
2968    :label "kbirsgrb2"
2969    :system-theoretic "real-parameter"
2970    :value "1.0d0"
2971    :model-name "kbirsgrb2")
2972   ("kbirsgrb2d"
2973    :label "kbirsgrb2d"
2974    :system-theoretic "real-parameter"
2975    :value "1.0d0"
2976    :model-name "kbirsgrb2d")
2977   ("kbirsgrb2sos"
2978    :label "kbirsgrb2sos"
2979    :system-theoretic "real-parameter"
2980    :value "1.0d0"
2981    :model-name "kbirsgrb2sos")
2982   ("kbirsgrb2sosd"
2983    :label "kbirsgrb2sosd"
2984    :system-theoretic "real-parameter"
2985    :value "1.0d0"
2986    :model-name "kbirsgrb2sosd")
2987   ("kbshc"
2988    :label "kbshc"
2989    :system-theoretic "real-parameter"
2990    :value "1.0d0"
2991    :model-name "kbshc")
2992   ("kbshcd"
2993    :label "kbshcd"
2994    :system-theoretic "real-parameter"
2995    :value "1.0d0"
2996    :model-name "kbshcd")
2997   ("kbshcgrb2"
2998    :label "kbshcgrb2"
2999    :system-theoretic "real-parameter"
3000    :value "1.0d0"
3001    :model-name "kbshcgrb2")
3002   ("kbshcgrb2d"
3003    :label "kbshcgrb2d"
3004    :system-theoretic "real-parameter"
3005    :value "1.0d0"
3006    :model-name "kbshcgrb2d")
3007   ("kbshcgrb2sos"
3008    :label "kbshcgrb2sos"
3009    :system-theoretic "real-parameter"
3010    :value "1.0d0"
3011    :model-name "kbshcgrb2sos")
3012   ("kbshcgrb2sosd"
3013    :label "kbshcgrb2sosd"
3014    :system-theoretic "real-parameter"
3015    :value "1.0d0"
3016    :model-name "kbshcgrb2sosd")
3017   ("kbsos"
3018    :label "kbsos"
3019    :system-theoretic "real-parameter"
3020    :value "1.0d0"
3021    :model-name "kbsos")
3022   ("kbsosd"
3023    :label "kbsosd"
3024    :system-theoretic "real-parameter"
3025    :value "1.0d0"
3026    :model-name "kbsosd")
3027   ("ki1"
3028    :label "ki1"
3029    :system-theoretic "real-parameter"
3030    :value "1.0d0"
3031    :model-name "ki1")
3032   ("ki1d"
3033    :label "ki1d"
3034    :system-theoretic "real-parameter"
3035    :value "1.0d0"
3036    :model-name "ki1d")
3037   ("kirsbp6"
3038    :label "kirsbp6"
3039    :system-theoretic "real-parameter"
3040    :value "1.0d0"
3041    :model-name "kirsbp6")
3042   ("kirsbp6d"
3043    :label "kirsbp6d"
3044    :system-theoretic "real-parameter"
3045    :value "1.0d0"
3046    :model-name "kirsbp6d")
3047   ("kirsp6"
3048    :label "kirsp6"
3049    :system-theoretic "real-parameter"
3050    :value "1.0d0"
3051    :model-name "kirsp6")
3052   ("kirsp6d"
3053    :label "kirsp6d"
3054    :system-theoretic "real-parameter"
3055    :value "1.0d0"
3056    :model-name "kirsp6d")
3057   ("kp10"
3058    :label "kp10"
3059    :system-theoretic "real-parameter"
3060    :value "1.0d0"
3061    :model-name "kp10")
3062   ("kp10d"
3063    :label "kp10d"
3064    :system-theoretic "real-parameter"
3065    :value "1.0d0"
3066    :model-name "kp10d")
3067   ("kp11"
3068    :label "kp11"
3069    :system-theoretic "real-parameter"
3070    :value "1.0d0"
3071    :model-name "kp11")
3072   ("kp11d"
3073    :label "kp11d"
3074    :system-theoretic "real-parameter"
3075    :value "1.0d0"
3076    :model-name "kp11d")
3077   ("kp20"
3078    :label "kp20"
3079    :system-theoretic "real-parameter"
3080    :value "1.0d0"
3081    :model-name "kp20")
3082   ("kp20d"
3083    :label "kp20d"
3084    :system-theoretic "real-parameter"
3085    :value "1.0d0"
3086    :model-name "kp20d")
3087   ("kp21"
3088    :label "kp21"
3089    :system-theoretic "real-parameter"
3090    :value "1.0d0"
3091    :model-name "kp21")
3092   ("kp21d"
3093    :label "kp21d"
3094    :system-theoretic "real-parameter"
3095    :value "1.0d0"
3096    :model-name "kp21d")
3097   ("kshcbp"
3098    :label "kshcbp"
3099    :system-theoretic "real-parameter"
3100    :value "1.0d0"
3101    :model-name "kshcbp")
3102   ("kshcbpd"
3103    :label "kshcbpd"
3104    :system-theoretic "real-parameter"
3105    :value "1.0d0"
3106    :model-name "kshcbpd")
3107   ("kshcp"
3108    :label "kshcp"
3109    :system-theoretic "real-parameter"
3110    :value "1.0d0"
3111    :model-name "kshcp")
3112   ("kshcpd"
3113    :label "kshcpd"
3114    :system-theoretic "real-parameter"
3115    :value "1.0d0"
3116    :model-name "kshcpd"))
3117  :modules
3118  (("ca_grb2_irs_0"
3119    :is-a "cf2co"
3120    :geometry-x "148"
3121    :geometry-y "223")
3122   ("ca_grb2_irs_sos"
3123    :is-a "cf2co"
3124    :geometry-x "140"
3125    :geometry-y "265")
3126   ("ca_grb2_irs_x"
3127    :is-a "cf2co"
3128    :geometry-x "147"
3129    :geometry-y "381")
3130   ("ca_grb2_shc_0"
3131    :is-a "cf2co"
3132    :geometry-x "177"
3133    :geometry-y "253")
3134   ("ca_grb2_shc_sos"
3135    :is-a "cf2co"
3136    :geometry-x "210"
3137    :geometry-y "229")
3138   ("ca_grb2_shc_x"
3139    :is-a "cf2co"
3140    :geometry-x "205"
3141    :geometry-y "414")
3142   ("ca_ins"
3143    :is-a "cf2co"
3144    :geometry-x "110"
3145    :geometry-y "260")
3146   ("ca_irsxpgrb2"
3147    :is-a "cf2co"
3148    :geometry-x "629"
3149    :geometry-y "211")
3150   ("ca_irs_0_p"
3151    :is-a "cf2co"
3152    :geometry-x "266"
3153    :geometry-y "220")
3154   ("ca_irs_r_0"
3155    :is-a "cf2co"
3156    :geometry-x "215"
3157    :geometry-y "259")
3158   ("ca_irs_r_p"
3159    :is-a "cf2co"
3160    :geometry-x "225"
3161    :geometry-y "243")
3162   ("ca_irs_r_x"
3163    :is-a "cf2co"
3164    :geometry-x "260"
3165    :geometry-y "389")
3166   ("ca_irs_x_p"
3167    :is-a "cf2co"
3168    :geometry-x "298"
3169    :geometry-y "176")
3170   ("ca_rxpirs"
3171    :is-a "cf2co"
3172    :geometry-x "548"
3173    :geometry-y "202")
3174   ("ca_rxpshc"
3175    :is-a "cf2co"
3176    :geometry-x "578"
3177    :geometry-y "269")
3178   ("ca_r_0_0_p"
3179    :is-a "cf2co"
3180    :geometry-x "373"
3181    :geometry-y "204")
3182   ("ca_r_0_p_0"
3183    :is-a "cf2co"
3184    :geometry-x "303"
3185    :geometry-y "248")
3186   ("ca_r_0_p_p"
3187    :is-a "cf2co"
3188    :geometry-x "324"
3189    :geometry-y "228")
3190   ("ca_r_i_0_p"
3191    :is-a "cf2co"
3192    :geometry-x "373"
3193    :geometry-y "433")
3194   ("ca_r_i_p_0"
3195    :is-a "cf2co"
3196    :geometry-x "313"
3197    :geometry-y "420")
3198   ("ca_r_i_p_p"
3199    :is-a "cf2co"
3200    :geometry-x "353"
3201    :geometry-y "306")
3202   ("ca_r_x_p_x"
3203    :is-a "cf2co"
3204    :geometry-x "342"
3205    :geometry-y "266")
3206   ("ca_r_x_x_p"
3207    :is-a "cf2co"
3208    :geometry-x "420"
3209    :geometry-y "418")
3210   ("ca_shcxp"
3211    :is-a "cf2co"
3212    :geometry-x "670"
3213    :geometry-y "248")
3214   ("ca_shc_0_p"
3215    :is-a "cf2co"
3216    :geometry-x "447"
3217    :geometry-y "210")
3218   ("ca_shc_r_0"
3219    :is-a "cf2co"
3220    :geometry-x "428"
3221    :geometry-y "369")
3222   ("ca_shc_r_p"
3223    :is-a "cf2co"
3224    :geometry-x "420"
3225    :geometry-y "198")
3226   ("ca_shc_r_x"
3227    :is-a "cf2co"
3228    :geometry-x "465"
3229    :geometry-y "256")
3230   ("ca_shc_x_p"
3231    :is-a "cf2co"
3232    :geometry-x "463"
3233    :geometry-y "187")
3234   ("ca_xirsgrb2"
3235    :is-a "cf2co"
3236    :geometry-x "533"
3237    :geometry-y "314")
3238   ("ca_xirsgrb2b"
3239    :is-a "cf2co"
3240    :geometry-x "628"
3241    :geometry-y "249")
3242   ("ca_xrirs"
3243    :is-a "cf2co"
3244    :geometry-x "503"
3245    :geometry-y "264")
3246   ("ca_xrirsb"
3247    :is-a "cf2co"
3248    :geometry-x "521"
3249    :geometry-y "241")
3250   ("ca_xrshc"
3251    :is-a "cf2co"
3252    :geometry-x "501"
3253    :geometry-y "170")
3254   ("ca_xrshcb"
3255    :is-a "cf2co"
3256    :geometry-x "542"
3257    :geometry-y "412")
3258   ("ca_xshc"
3259    :is-a "cf2co"
3260    :geometry-x "593"
3261    :geometry-y "329")
3262   ("ca_xshcb"
3263    :is-a "cf2co"
3264    :geometry-x "660"
3265    :geometry-y "264")
3266   ("cell"
3267    :is-a "insulin_reduced2_xml-cell"
3268    :geometry-x "419"
3269    :geometry-y "260")
3270   ("rules"
3271    :is-a "insulin_reduced2_xml-rules"
3272    :geometry-x "392"
3273    :geometry-y "291"))
3274  :links
3275  (("cl_grb2_irs_0")
3276   ("cl_grb2_irs_sos")
3277   ("cl_grb2_irs_x")
3278   ("cl_grb2_shc_0")
3279   ("cl_grb2_shc_sos")
3280   ("cl_grb2_shc_x")
3281   ("cl_ins")
3282   ("cl_irsxpgrb2")
3283   ("cl_irs_0_p")
3284   ("cl_irs_r_0")
3285   ("cl_irs_r_p")
3286   ("cl_irs_r_x")
3287   ("cl_irs_x_p")
3288   ("cl_rxpirs")
3289   ("cl_rxpshc")
3290   ("cl_r_0_0_p")
3291   ("cl_r_0_p_0")
3292   ("cl_r_0_p_p")
3293   ("cl_r_i_0_p")
3294   ("cl_r_i_p_0")
3295   ("cl_r_i_p_p")
3296   ("cl_r_x_p_x")
3297   ("cl_r_x_x_p")
3298   ("cl_shcxp")
3299   ("cl_shc_0_p")
3300   ("cl_shc_r_0")
3301   ("cl_shc_r_p")
3302   ("cl_shc_r_x")
3303   ("cl_shc_x_p")
3304   ("cl_xirsgrb2")
3305   ("cl_xirsgrb2b")
3306   ("cl_xrirs")
3307   ("cl_xrirsb")
3308   ("cl_xrshc")
3309   ("cl_xrshcb")
3310   ("cl_xshc")
3311   ("cl_xshcb")
3312   ("fl_grb2_irs_0")
3313   ("fl_grb2_irs_sos")
3314   ("fl_grb2_irs_x")
3315   ("fl_grb2_shc_0")
3316   ("fl_grb2_shc_sos")
3317   ("fl_grb2_shc_x")
3318   ("fl_ins")
3319   ("fl_irsxpgrb2")
3320   ("fl_irs_0_p")
3321   ("fl_irs_r_0")
3322   ("fl_irs_r_p")
3323   ("fl_irs_r_x")
3324   ("fl_irs_x_p")
3325   ("fl_rxpirs")
3326   ("fl_rxpshc")
3327   ("fl_r_0_0_p")
3328   ("fl_r_0_p_0")
3329   ("fl_r_0_p_p")
3330   ("fl_r_i_0_p")
3331   ("fl_r_i_p_0")
3332   ("fl_r_i_p_p")
3333   ("fl_r_x_p_x")
3334   ("fl_r_x_x_p")
3335   ("fl_shcxp")
3336   ("fl_shc_0_p")
3337   ("fl_shc_r_0")
3338   ("fl_shc_r_p")
3339   ("fl_shc_r_x")
3340   ("fl_shc_x_p")
3341   ("fl_xirsgrb2")
3342   ("fl_xirsgrb2b")
3343   ("fl_xrirs")
3344   ("fl_xrirsb")
3345   ("fl_xrshc")
3346   ("fl_xrshcb")
3347   ("fl_xshc")
3348   ("fl_xshcb"))
3349  :variables
3350  (("kbirs"
3351    :is-a "sbml-parameter")
3352   ("kbirsd"
3353    :is-a "sbml-parameter")
3354   ("kbirsgrb2"
3355    :is-a "sbml-parameter")
3356   ("kbirsgrb2d"
3357    :is-a "sbml-parameter")
3358   ("kbirsgrb2sos"
3359    :is-a "sbml-parameter")
3360   ("kbirsgrb2sosd"
3361    :is-a "sbml-parameter")
3362   ("kbshc"
3363    :is-a "sbml-parameter")
3364   ("kbshcd"
3365    :is-a "sbml-parameter")
3366   ("kbshcgrb2"
3367    :is-a "sbml-parameter")
3368   ("kbshcgrb2d"
3369    :is-a "sbml-parameter")
3370   ("kbshcgrb2sos"
3371    :is-a "sbml-parameter")
3372   ("kbshcgrb2sosd"
3373    :is-a "sbml-parameter")
3374   ("kbsos"
3375    :is-a "sbml-parameter")
3376   ("kbsosd"
3377    :is-a "sbml-parameter")
3378   ("ki1"
3379    :is-a "sbml-parameter")
3380   ("ki1d"
3381    :is-a "sbml-parameter")
3382   ("kirsbp6"
3383    :is-a "sbml-parameter")
3384   ("kirsbp6d"
3385    :is-a "sbml-parameter")
3386   ("kirsp6"
3387    :is-a "sbml-parameter")
3388   ("kirsp6d"
3389    :is-a "sbml-parameter")
3390   ("kp10"
3391    :is-a "sbml-parameter")
3392   ("kp10d"
3393    :is-a "sbml-parameter")
3394   ("kp11"
3395    :is-a "sbml-parameter")
3396   ("kp11d"
3397    :is-a "sbml-parameter")
3398   ("kp20"
3399    :is-a "sbml-parameter")
3400   ("kp20d"
3401    :is-a "sbml-parameter")
3402   ("kp21"
3403    :is-a "sbml-parameter")
3404   ("kp21d"
3405    :is-a "sbml-parameter")
3406   ("kshcbp"
3407    :is-a "sbml-parameter")
3408   ("kshcbpd"
3409    :is-a "sbml-parameter")
3410   ("kshcp"
3411    :is-a "sbml-parameter")
3412   ("kshcpd"
3413    :is-a "sbml-parameter")))
3414
3415
3416(define-module
3417  :class "kin-2-1_0_k1f_k1b"
3418  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3419  :variables
3420  (("k1b"
3421    :is-a "kinetic-parameter")
3422   ("k1f"
3423    :is-a "kinetic-parameter")))
3424
3425
3426(define-module
3427  :class "kin-1-1_0_k2f_k2b"
3428  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
3429  :variables
3430  (("k2b"
3431    :is-a "kinetic-parameter")
3432   ("k2f"
3433    :is-a "kinetic-parameter")))
3434
3435
3436(define-module
3437  :class "kin-1-1_0_k3f_k3b"
3438  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
3439  :variables
3440  (("k3b"
3441    :is-a "kinetic-parameter")
3442   ("k3f"
3443    :is-a "kinetic-parameter")))
3444
3445
3446(define-module
3447  :class "kin-1-1_0_v4_k4"
3448  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
3449  :variables
3450  (("k4"
3451    :is-a "kinetic-parameter")
3452   ("v4"
3453    :is-a "kinetic-parameter")))
3454
3455
3456(define-module
3457  :class "kin-2-1_0_k5f_k5b"
3458  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3459  :variables
3460  (("k5b"
3461    :is-a "kinetic-parameter")
3462   ("k5f"
3463    :is-a "kinetic-parameter")))
3464
3465
3466(define-module
3467  :class "kin-1-1_0_k6f_k6b"
3468  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
3469  :variables
3470  (("k6b"
3471    :is-a "kinetic-parameter")
3472   ("k6f"
3473    :is-a "kinetic-parameter")))
3474
3475
3476(define-module
3477  :class "kin-1-2_0_k7f_k7b"
3478  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
3479  :variables
3480  (("k7b"
3481    :is-a "kinetic-parameter")
3482   ("k7f"
3483    :is-a "kinetic-parameter")))
3484
3485
3486(define-module
3487  :class "kin-1-1_0_v8_k8"
3488  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
3489  :variables
3490  (("k8"
3491    :is-a "kinetic-parameter")
3492   ("v8"
3493    :is-a "kinetic-parameter")))
3494
3495
3496(define-module
3497  :class "kin-2-1_0_k9f_k9b"
3498  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3499  :variables
3500  (("k9b"
3501    :is-a "kinetic-parameter")
3502   ("k9f"
3503    :is-a "kinetic-parameter")))
3504
3505
3506(define-module
3507  :class "kin-2-1_0_k10f_k10b"
3508  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3509  :variables
3510  (("k10b"
3511    :is-a "kinetic-parameter")
3512   ("k10f"
3513    :is-a "kinetic-parameter")))
3514
3515
3516(define-module
3517  :class "kin-1-2_0_k11f_k11b"
3518  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
3519  :variables
3520  (("k11b"
3521    :is-a "kinetic-parameter")
3522   ("k11f"
3523    :is-a "kinetic-parameter")))
3524
3525
3526(define-module
3527  :class "kin-1-2_0_k12f_k12b"
3528  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
3529  :variables
3530  (("k12b"
3531    :is-a "kinetic-parameter")
3532   ("k12f"
3533    :is-a "kinetic-parameter")))
3534
3535
3536(define-module
3537  :class "kin-2-1_0_k13f_k13b"
3538  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3539  :variables
3540  (("k13b"
3541    :is-a "kinetic-parameter")
3542   ("k13f"
3543    :is-a "kinetic-parameter")))
3544
3545
3546(define-module
3547  :class "kin-1-1_0_k14f_k14b"
3548  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
3549  :variables
3550  (("k14b"
3551    :is-a "kinetic-parameter")
3552   ("k14f"
3553    :is-a "kinetic-parameter")))
3554
3555
3556(define-module
3557  :class "kin-1-2_0_k15f_k15b"
3558  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
3559  :variables
3560  (("k15b"
3561    :is-a "kinetic-parameter")
3562   ("k15f"
3563    :is-a "kinetic-parameter")))
3564
3565
3566(define-module
3567  :class "kin-1-1_0_v16_k16"
3568  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
3569  :variables
3570  (("k16"
3571    :is-a "kinetic-parameter")
3572   ("v16"
3573    :is-a "kinetic-parameter")))
3574
3575
3576(define-module
3577  :class "kin-2-1_0_k17f_k17b"
3578  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3579  :variables
3580  (("k17b"
3581    :is-a "kinetic-parameter")
3582   ("k17f"
3583    :is-a "kinetic-parameter")))
3584
3585
3586(define-module
3587  :class "kin-1-2_0_k18f_k18b"
3588  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
3589  :variables
3590  (("k18b"
3591    :is-a "kinetic-parameter")
3592   ("k18f"
3593    :is-a "kinetic-parameter")))
3594
3595
3596(define-module
3597  :class "kin-2-1_0_k19f_k19b"
3598  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3599  :variables
3600  (("k19b"
3601    :is-a "kinetic-parameter")
3602   ("k19f"
3603    :is-a "kinetic-parameter")))
3604
3605
3606(define-module
3607  :class "kin-1-2_0_k20f_k20b"
3608  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
3609  :variables
3610  (("k20b"
3611    :is-a "kinetic-parameter")
3612   ("k20f"
3613    :is-a "kinetic-parameter")))
3614
3615
3616(define-module
3617  :class "kin-2-1_0_k21f_k21b"
3618  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3619  :variables
3620  (("k21b"
3621    :is-a "kinetic-parameter")
3622   ("k21f"
3623    :is-a "kinetic-parameter")))
3624
3625
3626(define-module
3627  :class "kin-2-1_0_k22f_k22b"
3628  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3629  :variables
3630  (("k22b"
3631    :is-a "kinetic-parameter")
3632   ("k22f"
3633    :is-a "kinetic-parameter")))
3634
3635
3636(define-module
3637  :class "kin-1-2_0_k23f_k23b"
3638  :super-classes ("s-1-2" "kinetics")
3639  :variables
3640  (("k23b"
3641    :is-a "kinetic-parameter")
3642   ("k23f"
3643    :is-a "kinetic-parameter")))
3644
3645
3646(define-module
3647  :class "kin-2-1_0_k24f_k24b"
3648  :super-classes ("s-2-1" "kinetics")
3649  :variables
3650  (("k24b"
3651    :is-a "kinetic-parameter")
3652   ("k24f"
3653    :is-a "kinetic-parameter")))
3654
3655
3656(define-module
3657  :class "kin-1-1_0_k25f_k25b"
3658  :super-classes ("s-1-1" "kinetics")
3659  :variables
3660  (("k25b"
3661    :is-a "kinetic-parameter")
3662   ("k25f"
3663    :is-a "kinetic-parameter")))
3664
3665
3666(define-module
3667  :class "comparison-insulin-egf"
3668  :super-classes ("sbml-model")
3669  :geometry-width "468"
3670  :geometry-height "270"
3671  :modules
3672  (("insulin_reduced2_xml"
3673    :is-a "insulin_reduced2_xml"
3674    :geometry-x "323"
3675    :geometry-y "148")
3676   ("kholodenko1999_egfrsignaling"
3677    :is-a "kholodenko1999_egfrsignaling"
3678    :geometry-x "80"
3679    :geometry-y "154")))
3680
3681
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.